第四章 说墨序列比对的动态规划算法.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * 在矩阵最上面一行和最左边一列前分别添加一个边界行和边界列 从左往右，从上往下，并沿对角线从左上角到右下角 用三个函数分别计算由三条路径到达该单元的分值并找出其中的最大值，如此分值小于0，则用0代替 * * * * * * * * * BLAST程序检测序列和数据库类型 程序名 检测序列 数据库类型 方 法 Blastp 蛋白质 蛋白质 用检测序列蛋白质搜索蛋白质序列数据库 Blastn 核酸 核酸 用检测序列核酸搜索核酸序列数据库 Blastx 核酸 蛋白质 将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库 Tblastn 蛋白质 核酸 用检测序列蛋白质搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库 Tblastx 核酸 核酸 将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库 * 对一般用户来说，目前常用的办法是通过NCBI、EBI等国际著名生物信息中心的BLAST服务器进行搜索。北京大学生物信息中心也提供了BLAST数据库搜索服务。需要说明的是，各生物信息中心BLAST用户界面有所不同，所提供的数据库也可能不完全相同，使用前最好先进行适当的选择 * BLAST 应用实例 多结构域蛋白 (H1N1)  脂质运载蛋白 * 多结构域蛋白 (H1N1) 的BLAST检索 * gi|224983683|pdb|3GBN|B Chain B, Crystal Structure Of Fab Cr6261 In Complex With The 1918 H1n1 Influenza Virus Hemagglutinin GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNNLERRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVRNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDDACMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREEIDGVSGR 多结构域蛋白 (H1N1) 的BLAST检索 H1N1聚合酶序列 * * BLAST结果综述 * BLAST结果表述 * BLAST结果逐条显示 * BLAST结果逐条显示 * BLAST：改变打分矩阵的作用 脂质运载蛋白 序列 sp|P31025|LCN1_HUMAN Lipocalin-1 OS=Homo sapiens GN=LCN1 PE=1 SV=1 MKPLLLAVSLGLIAALQAHHLLASDEEIQDVSGTWYLKAMTVDREFPEMNLESVTPMTLT TLEGGNLEAKVTMLISGRCQEVKAVLEKTDEPGKYTADGGKHVAYIIRSHVKDHYIFYCE GELHGKPVRGVKLVGRDPKNNLEALEDFEKAAGARGLSTESILIPRQSETCSPGSD * 使用Blosum62矩阵搜索 * 使用PAM30矩阵搜索 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * C K H V F C R V C I C 1 1 1 K 1 K C 1 1 1 F 1 C 1 2 1 1 1 0 K 1 1 1 1 0 0 C 1 2 1 0 1 0 V 1 0 0 1 0 0 C K H V F C R V C I C 1 1 1 1 0 K 1 1 1 0 0 K 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 0 F 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 0 K 2 3 2 2 2 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 1 2 1 0 1 0 V 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 C K H V F C R V C I C 1 1 1 1 0 K 1 1 1 0 0 K 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 0 F 1 1 1 0 0 C 4 2 2 2 2 2 1 1 1 0 K 2 3 2 2 2 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 1 2 1 0 1 0 V 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 C K H V F C R V C I C 2 1 1 1 1 0 K 2 1 1 1 0 0 K 2 1 1 1 0 0 C 2 2 1 1 1 0 F 3 2 2 2 3 1 1 1 0 0 C 4 2 2 2 2 2 1 1 1 0 K 2 3 2 2 2 1 1 1 0 0 C 2 1 1 1 1 2 1 0 1 0 V 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 C K H V F C