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第1章 分子生物物理学 1.1 分子生物物理学简介 1.1.1 内容简介 1.1.2 分子生物物理学简史 1.1.3 细胞的认识 1.1.4 分子生物物理学的热力学基础 它是生物物理学最重要的一个分支。 它主要是运用物理学理论和技术来研究生物大分子的结构及其构象变化、分子内部以及大小分子之间的相互作用、生物体系中能量的状态等。 分子生物物理学是从分子水平研究生命本质的一门新兴边缘学科，主要内容为：核酸、蛋白质、细胞信号传导和相关实验内容。 第一阶段：准备和酝酿阶段（19世纪后期到20世纪50年代初） 第二阶段：现代分子生物物理学的建立和发展阶段（1950-1970） 第三阶段：初步认识生命本质并开始改造生命的深入发展阶段（1970-） 第1阶段——确定蛋白质是生命的主要基础物质 1896年毕希纳（ Buchner德国化学家， 曾获1907年诺贝尔化学奖）兄弟证明酵母的无细胞提取液能使糖发酵产生酒精，第一次提出酶（enzyme）的概念。酶是生物催化剂。 1902年埃米尔.费舍尔(Emil Fisher)证明蛋白质结构是多肽。 1920’s-1940’s一些新酶的提纯和结晶（包括尿素酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶、黄酶、细胞色素C、肌动蛋白等），证明酶的本质是蛋白质。 第1阶段——确定蛋白质是生命的主要基础物质 1940’s，桑格(Sanger) 创立二硝基氟苯（DNFB）法， 埃德曼(Edman)发展异硫氰酸苯酯法进行氨基酸末端序列分 析。 1950年，在结晶X-射线分析技术的支持下，鲍林(Pauling) 和科里(Corey)提出了α-角蛋白的α-螺旋结构模型。 1953年桑格(Sanger)和汤普森(Thompson)完成了第一个多肽 分子——胰岛素A链和B链的氨基酸全序列分析。 蛋白质二级结构：指多肽链骨架的规则排列，而不涉 及侧链的类型和构象，也即是蛋白质主链原子在局部地 区所能采取的规则构象。 蛋白质分子的二级结构单元： α－螺旋 β－折叠 β－转角 无规卷曲 α－螺旋：是蛋白质中含量最多，也是最稳定的二 级结构单元。 其稳定性： 一方面取决于－NH和－CO之间的氢键 另方面还取决于主链所有组分原子的相互作用。 α－螺旋 α－螺旋 （helix） 存在于各种天然蛋白质中的一种特定的螺旋状肽链立体结构。 由于羊毛和皮革等工业的需要，英美科学家自20世纪30年代始就利用 X射线衍射技术研究毛、发、蹄、皮等不溶性蛋白质，发现它们都有有规则的立体结构。 50年代初，L.C.波林首先提出一种名为 α－螺旋的结构模型，很好地解释了毛发等的X射线衍射图谱，自此α－螺旋被普遍认为是蛋白质分子的一种基本结构 。 50年代末60年代初,J.C.肯德鲁与M.F.佩鲁茨用X射线衍射法相继解出了结晶肌红蛋白和血红蛋白的立体结构，此后陆续又解出了大量蛋白质的立体结构。这些结果证明，α－螺旋的确广泛存在于各类蛋白质分子中,不过有时与当初L.C.波林确定的某些参数值有些偏离。 α－螺旋结构的主要特征 （1） 肽链以螺旋状盘卷前进，每圈螺旋由 3.6个氨基酸构成，螺圈间距（螺距）为5.44埃； （2） 螺旋结构被规则排布的氢键所稳定，氢键排布的方式是：每个氨基酸残基的N－H与其氨基侧相间三个氨基酸残基的C＝O形成氢键。这样构成的由一个氢键闭合的环，包含 13个原子。 （3） α－螺旋常被准确地表示为3.613螺旋。螺旋的盘绕方式一般有右手旋转和左手旋转，在蛋白质分子中实际存在的是右手螺旋。 α－螺旋: 是稳定蛋白质立体结构的主要支柱,又称3.613螺旋. 其主要特点: ①主肽链以右手螺旋状盘绕; ②具两亲性; ③是一大偶极子(酰氨键)。 β－折叠 β-折叠结构（β-sheet）又称为β-折叠片层（β-plated sheet）结构和β-结构等， 是蛋白质中的常见的二级结构，是由伸展的多肽链组成的。 β－折叠：多肽主链中所有α-碳原子的二面角都采取ф＝-120±45o,Ψ＝+130±30o从而使主链呈现第二 种周期性规律的构象。 从能量上看： (1). 反平行β－折叠片比平行β－折叠片更稳定，但还不如α-螺旋稳定，这与氢键走向有关。 (2). 这种结构参数易变化，扭曲程度也可各不相同。 (3). 一般位于蛋白质中心，外周由结构稳定的α-螺旋包围，如Ig全部由β结构组成，所以较“柔软”，这样易于变化构象与不同的抗原分子结合。 3、结构域： 由几个motifs结