(生物信息学)011-生物信息学基础-20110422.pdf

生物信息学基础 赵文明生物信息平台主管 zhaowm@ 中国科学院北京基因组研究所 你可以学到什么？  产生数据：测序技术（原理、特性、优缺点、数据格 式及特点、数据通量、……）  分析数据 计算机环境（Linux/Unix ）、基本编程（Shell/Perl/R ） 基因组组装/拼接：无参考序列（de novo ）、有参考序列 重测序研究：单核苷酸多态性（SNP ）、基因组插入或 删除（indel ）、结构变异（转座、倒置）、拷贝数变化、 进化分析研究 RNA研究：转录组、microRNA 表观遗传：甲基化、组蛋白修饰  发布数据 数据库：公共数据库、自己开发数据库 课程安排  一、生物信息学概念  二、生物信息基础工作环境  三、Linux基本操作  四、Perl编程基础  五、上机练习 一、生物信息学概念  生物信息概念  涵盖范围  研究意义  主要研究方向  基本方法 概念（广义） 生 生物体系和过程中信息 命 的存贮、传递和表达 科 学 中 信息科学 的 信 息 细胞、组织、器官的生理、病理 科 、药理过程的中各种生物信息 学 广义的说，生物信息不仅包括基因组信息，如基因 的DNA序列、染色体定位，也包括基因产物（蛋白 质或RNA ）的结构和功能及各生物种间的进化关系 等其他信息资源。 生物信息学既涉基因组信息的获取、处理、贮存、 传递、分析和解释，又涉及蛋白质组信息学如蛋白 质的序列、结构、功能及定位分类、蛋白质连锁图、 蛋白质数据库的建立、相关分析软件的开发和应用 等方面，还涉及基因与蛋白质的关系如蛋白质编码 基因的识别及算法研究、蛋白质结构、功能预测等， 另外，新药研制、生物进化也是生物信息学研究的 热点。 概念（狭义） 生物分子信息的获取、存贮、分析和利用 分子生物信息学 Molecular Bioinformatics 获取 生物 深层次 分子数据 生物学知识