RNAseq定量分析方案.doc

RNAseq定量分析方案 RNAseq定量分析方案 1 一、实验目的： 2 二、实验大致流程 2 三、实验前的准备活动 2 3.1准备数据 2 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 3 四、实验过程 4 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。 5 4.2.利用tophat命令将分别将代比较的reads maping到参考基因组序列上 6 4.3利用cufflinks软件分别将待测样品的转录组reads拼接起来，并同时计算每个样品各个基因的rpkm值 7 4.4.利用coffmerge和cuffdiff软件计算每个样品各个基因的fpkm值。 8 五．利用R软件查看结果文件。 10 一、实验目的： 利用已有的水稻基因组数据对来自两棵不同的水稻进行转录组水平差异的研究。 二、实验大致流程 利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件 利用tophat命令将分别将代比较的reads maping到参考基因组序列上 利用cufflinks软件分别将待测样品的转录组reads拼接起来，计算每个样品各个基因的fpkm值 利用coffmerge和cuffdiff软件计算每个样品各个基因的fpkm值。 利用R软件查看比较结果。 三、实验前的准备活动 3.1准备数据 像大多数生物实验一样，做生物信息学实验之前也是需要事先准备好“药品”和“仪器”，不然到了关键时刻也是一样会手忙脚乱的。现在我们先来谈一谈生物信息实验需要准备的“药品”—数据。对于RNAseq实验而言，这里至少需要准备一下几个文件： a参考基因组序列设为refrence.fa b参考基因注释设为refrence.gtf 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 通过上面的大致流程，我们知道，我们至少需要用到以下几个软件，查看你的系统是否安装了这些软件只需要直接输入这些命令就可以了： 1.bowtie2-build http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/bowtie2.html Usage: bowtie2-build [options]* reference_in bt2_index_base reference_in comma-separated list of files with ref sequences bt2_index_base write .bt2 data to files with this dir/basename 2.tophat /tutorial.shtml#toph TopHat maps short sequences from spliced transcripts to whole genomes. Usage: tophat [options] bowtie_index reads1[,reads2,...] [reads1[,reads2,...]] \ [quals1,[quals2,...]] [quals1[,quals2,...]] 3.cufflinks /manual.html Usage: cufflinks [options] hits.sam 4.cuffmerge /manual.html Usage: cuffmerge [Options] assembly_GTF_list.txt 5.cuffdiff /manual.html Usage: cuffdiff [options] transcripts.gtf sample1_hits.sam sample2_hits.sam [... sampleN_hits.sam] Supply replicate SAMs as comma separated lists for each condition: sample1_rep1.sam,sample1_rep2.sam,...sample1_repM.sam 由于这些命令的参数都不少，所以不能一一在这里讲解，想要了解这些软件的参数作用最好的方法就是直接读这些软件的manual。 四、实验过程 本实验数据存储在/share/Public/BioinfoTraim下面的Train_RNAseq目录里。 如果你想做练习的话，只要在/share/Public/BioinfoTraim将数据重新拷贝