蛋白质交互作用位置搜寻比对分析系统-逢甲大学资讯工程系研讨室借用.pdfVIP

逢甲大學 資訊工程學系 專題研究（一）期末報告 蛋白質交互作用位置搜尋 比對分析系統 指導老師： 游景盛 組 員： 黃凱斌 （資訊三乙 ） 簡士翔 （資訊三乙 ） 陳志誠 （資訊三乙 ） 「動機」 在生物體中，蛋白質會彼此結合在一起，形成複合體，執行特殊的功能，這就是「蛋白 質的交互作用」。功能單位有大有小，大如核糖體（ribosome ）由 30 個以上的單位構成，小如 轉錄因子（transcription factor ）僅由 2 個組成。生化學家發現，幾乎所有的蛋白質都會與其它 的蛋 白質結合，或是透過不結合的方式，達到交互作用的目的，這種現象出現在高等動物（哺 乳類）的頻率又高於低等的動物。因此，要了解細胞如何系統性運作之前，必須先了解蛋白 質複合體如何共同執行功能；要知道蛋白質群體怎樣執行功能，就要先定義出這群複合體的 組成。 欲明瞭群體中某蛋白質的功能，其線索在於結合的成員中，已經知曉功能的成員身上。 例如，已知許多訊息傳導的蛋白激酶複合體（protein kinase signaling complexes ），是由激酶 （kinase ，將磷酸根從ATP 轉移到受體的酶）、磷酸酶（phosphatase ，催化磷酸根由一化合物 轉移到另一化合物上）、以及調控蛋白（regulatory protein ）組成，其中激酶和磷酸酶的部份， 可藉由分析它們的催化中心（catalytic domains ），得知它們的基本生化功能，由此推斷複合體 中的其它蛋白質，應屬於調控性質。 「蛋 白質交互作用」近年來一直是生物資訊學科中十分重要的環節之一，與生命維持的 各項反應息息相關，尤其近幾年大量產生蛋白質交互作用資訊的方法進步的催化 下，更使得 蛋白質研究領域的研究者有了十分充裕的資訊及輔助工具，在資訊量這麼龐大的現在，運用 電腦運算技術能否預測蛋白質交互作用成了最重要的課題。在 每一個蛋白質上與其它蛋白質 產生反應的區域統稱 Functional Region (包含了 Domain 、Motif ……等) ，這些功能區域扮演著 在交互作用上重要的角色，這些「功能域─功能域」的組合直接或間接導致了蛋白質的交互 作用。電腦運算的 Data Mining 技術已廣泛運用於生物資訊領域，這項技術的應用將可讓我們 瞭解生物反應裡各元件彼此的關聯性，曾有團隊以 Association Rule 進行蛋白質交互作用的預 測，但是在支持度以及信心值並沒有一個較良好的取捨，也沒有做驗證的步驟。所以，本研 究的目的在於應用機器學習方法來建立一個蛋白質交互作用的預測系統。 「目的 」 本研究所用的蛋白質交互作用資料由 PDB 蛋白質資料庫網站收集而來，並將資料將整合 成為同一個資料集並且建置資料庫，本研究需要收集 PDB 蛋白質結構分析位置的資料集並與 蛋白質的資料表中相關聯連的蛋白質紀錄結合，紀錄表單於資料庫中。並篩選出可能使得蛋 白質產生反應的 Motif Pairs ( 「功能域─功能域」的組合)名單，運用此名單去預測一對蛋白質 是否會產生交互作用。本研究未來將應用 自行研究的位置分析演算法 ，先將不可能有交互作 用的位置讓它還沒跑出結果前就淘汰計算以節省 CPU 計算時間，結果可以得到ㄧ個預測模 組，依此建立ㄧ個蛋白質交互作用預測系統，並也將與其他預測工具(如 PreBIND 、InterDom…… 等)進行結果比對。 預期結果： *圖為兩個蛋白質的交互作用位置圖 黃色及灰色是有交互作用的地方 預期將可建立ㄧ蛋白質交互作用之預測模組，建立ㄧ個 Web 介 面的系統，未來上線後 將提供如蛋白質整合資訊查詢、蛋白質交互作用查詢、蛋白質功能域及序列比對、蛋白質交 互作用預測等功能，相關研究可運用本系統取得整 合式的蛋白質交互作用資訊，對照提供的 功能域資訊，可以輕易看出功能域與交互作用之間其中的關聯性，而預測所得之可能交互作 用蛋白質組合也可提供研究團隊 新的研究方向及參考。 「專題進度 」 第一年 (三年級上、下學期) 時程