根瘤菌系统学研究进展与展望.pdfVIP

微生物学通报 May 20, 2016, 43(5): 1095−1100 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150994 专论与综述 根瘤菌系统学研究进展与展望 陈文峰* ( 100193) 摘 要：根瘤菌(Rhizobia)原指能与豆科植物共生固氮的革兰氏阴性细菌，归属于变形杆菌门 的α-变形杆菌纲和β-变形杆菌纲。近年来，细菌系统学研究方法的发展及大量新菌株的研究， 大大改变了根瘤菌的分类方法和分类系统。最新的分类体系中，对 α- 纲内的根瘤菌属 (Rhizobium)进行了重新划分：一部分种仍保留在根瘤菌属内，新增了副根瘤菌属(Pararhizobium) 和新根瘤菌属(Neorhizobium) ，恢复并修订了土壤杆菌属(Agrobacterium) 和其它根瘤菌属 (Allorhizobium) ，且所有属中都包括了共生和非共生的细菌。α- 纲内的中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 学名虽已被剑菌属(Ensifer)取代，但在研究共生的细菌时，前者的名称仍被广泛 使用。在分类方法方面，最重要的进展是全基因组序列测定及平均核苷酸一致性(ANI) 已取代 传统的DNA 同源性分析。由于16S rRNA 基因序列在根瘤菌系统发育中的保守性，目前它多 用于确定系统发育中属的分类地位，而多基因序列分析、全基因组序列比较来确定种的分类地 位已成为确定根瘤菌基因种的“黄金标准”。加上生理生化特性、脂肪酸、醌等的快速测定获得 表型和化学分类数据，使得近十年来根瘤菌的系统学快速发展。可以期待，未来基于全基因组 序列分析的根瘤菌分类系统将更趋稳定，但大量的新种仍有待描述，而这仍会导致建立一些新 属，或在原本不包括根瘤菌的细菌属内分离到一些共生固氮的种或菌株。另外，药用豆科植物 苦参与含有不同结瘤基因型的多种根瘤菌共生混杂性的发现，突破了原来对共生专一性的认 识，为豆科植物与根瘤菌之间共生关系的研究开拓了新思路。 关键词：根瘤菌，豆科植物，系统学，生物固氮，共生 Progress and perspective of systematics of rhizobia * CHEN Wen-Feng (College of Biological Sciences and Rhizobium Research Center, China Agricultural University, Beijing 100193, China) Abstract: Originally, rhizobia refer to the legume-nodulating symbiotic Gram-negative bacteria, belonging to Class Alpha- and Beta-proteobacteria in Phylum Proteobacteria. Recently, the developments in systematic technology of bacteria and the studies of more novel isolates have greatly changed the taxonomy of rhizobia. In the newest classification, some species in the genus Rhizobium within Class Alphaproteobacteria have been