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籽粒苋苹果酸酶nad-me基因密码子偏好性分析-应用与环境生物学报
2011 17 1 ): 012~017 2011-02-25
应用与环境生物学报 , (
Chin J Appl Environ Biol=ISSN 1006-687X DOI: 10.3724/SP.J.1145.2011.00012
*
籽粒苋苹果酸酶(NAD-ME )基因密码子偏好性分析
1 2** 2 3 2
李 平 白云凤 冯瑞云 王原媛 张维锋
1
( 山西大学生物工程学院 太原 030006)
2
( 山西省农业科学院作物遗传研究所 太原 030031)
3
(山西农业大学研究生院 太谷 030801)
摘 要 遗传密码子是生命信息的基本遗传单位,每种氨基酸对应 1~6个同义密码子. 特定物种在长期进化中形成了适
应自身基因组环境的密码子使用偏性 . 运用CHIPS、CUSP和Co�onW程序分析自主克隆的籽粒苋NAD-ME基因的密码
子偏好性,并与马铃薯等7种植物的ME基因密码子偏好性进行比较,以期为该基因在作物遗传改良中选择合适的受
体植物提供依据. 结果表明,籽粒苋NAD-ME基因偏好于以A 或T结尾的密码子,其它几种被比较作物的ME基因也有
同样的趋势,但双子叶植物的偏好性更强. 基于NAD-ME基因的密码子使用偏性的系统聚类分析表明,籽粒苋与马铃
薯、拟南芥、葡萄、蓖麻、毛果杨等双子叶植物聚为 1类,玉米和高粱这 2个单子叶植物聚为 1类,预示籽粒苋NAD-ME
基因更适合导入马铃薯等双子叶植物. 对籽粒苋NAD-ME基因的密码子偏好性与大肠杆菌和酵母的基因组密码子偏
好性进行比较,发现均存在差异,与大肠杆菌的差异高于酵母,表明酵母表达系统要优于大肠杆菌表达系统 . 若要进
一步提高籽粒苋NAD-ME基因在大肠杆菌或酵母中的表达水平,尚需对其密码子进行优化 . 图1 表6 参 13
关键词 籽粒苋;苹果酸酶基因;密码子偏好性;聚类分析;基因表达
CLC S503 : Q786
Analysis of Codon Bias of NAD-ME Gene in Amaranthus hypochondriacus *
1 2** 2 3 2
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