香榧转录组测序及生物信息学基础分析sequencing-山东农业大学.pdfVIP

山东农业大学学报 自然科学版( ),2016,47(1):19-24 VOL.47NO.12016 JournalofShandongAgriculturalUniversity(NaturalScienceEdition) doi:10.3969/j.issn.1000-2324.2016.01.004 香榧转录组测序及生物信息学基础分析 1* 2 易官美 ,包燕春 1. 宁波城市职业技术学院, 浙江 宁波 315502 2. 江西省南昌市青山湖风景区管理处, 江西 南昌 330039 摘 要: 香榧具有重要的经济价值，但其基因组信息相对匮乏，限制了其分子生物学和基因功能的研究。本文以不同 组织的香榧作为研究对象，采用新一代高通量测序技术平台IlluminaHiSeq™2000对香榧转录组进行测序和数据分析， 共得到37,349,086个reads片段，总碱基数为4.35G。利用组装软件，对获得的高质量序列进行组装，共得到104,636个 Unigene 784nt N50 1,702 Unigene 28,766 Unigenes ，平均长度为 ， 为 。将 序列与公共数据库进行比对， 个 获得了注释。其 中26,856个Unigene在NR蛋白数据库中获得注释，24,003个Unigenes在NT数据库中获得注释，21,401个Unigene在 Swiss-Prot蛋白数据库中获得注释，16,137个Unigene在COG数据库中获得注释，11,410个Unigene在GO数据库中获得 KEGG 18,564 Unigene 256 SSR 4,217 Unigene 注释。根据 注释信息， 个 被划分到 个代谢途径中。 位点搜索发现，在 个 中含 有4,706个SSR位点。分析所获得的转录组数据，将为香榧功能基因的克隆，基因的表达，指纹图谱构建和分子标记 辅助选育奠定基础。 关键词: 香榧 转录组 高通量测序; ; ;SSR 中图法分类号:Q37;S791.53 文献标识码:A 文章编号:1000-2324(2016)01-0019-06 SequencingandBioinformaticAnalysisforTranscriptomeofTorreya grandisFort.exLindl.cv.merrillii 1 2 YIGuan-mei ,BAOYan-chun 1.Ningbo CityCollegeof VocationalTechnology,Ningbo315502,China 2.QingshanhuLandscapeAdminstration OfficeofNanchang CityJiangxiProvince,Nanchang330039,China Abstract: Torreyagrandis Fort. exLindl. cv.Merrillii is an economicallyimportantplant onboth agriculture and ecology. However, the genomi information of this specieshas been less studied, leading to limited researching progresses in both molecular biology and gene functions. In the present study