高粱非编码区ssr引物设计以及e-pcr的验证.pdfVIP

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2017-11-15 发布于天津
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高粱非编码区ssr引物设计以及e-pcr的验证.pdf

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: SSR e-PCR # # SSR e-PCR 1, 2 1 1, 2 1 , , , ( 1. , 233100; 2. , 230036) : 本研究通过在 NCBI公共数据库的高粱全基因序列中进行简单重复序列 SSR 搜索, 结果显共有 87 950 个SSR 位点, 共有 1 134种重复, 其中二元碱基和三元碱基重复所占比例最大, 分别占 4 3. 36% , 32. 38% 根据 SSR 搜索结果设计了高粱 SSR 引物, 通过两次 e-PCR 验证和筛选引物, 随机合成了 50 对引物以先锋和乐食两个高丹草品种为材料进行引物的筛选和评价结果表明, 50 对引物中有 46 对引物出带, 但只有 8 对引物具有多态性这说明在高粱非编码区设计的引物多态性并不高于 EST-SSR 引物, 但对高粱的 SSR 引物的开发可以起到补充和促进作用 : ; ; SSR; e-PCR; : S 5 14 : A : 110 1- 4705( 20 10) 09-000 1-07 D es ign of SSR Pr mi ers and V erif ication of E-PCR in N on-coding R eg ions of Sorghum G enom e 1, 2 1 1, 2 1 LU Jing-biao , LI Jie-qin, LU Jie , ZHAN Qiu-wen ( 1. A nhui Sc ience and T echno ogy Un iversity, Fengyang A nhui 233 100, China; 2. A nhu i A gricu tura U niversity, H e fei 230036, Ch ina) Abstract: The comp ete genom e sequence o f sorghum wh ich dow n oaded from the NCB I pub ic databases w as u sed for a smi p e sequence repeated SSR search. T he resu t show ed that there w ere 87 950 SSR oc i and 1 134 k inds o f repetition about the resu ts in a . T he propo rtion of dinuc eotide and trinuc eo tide repeats w as p aced on the first p ace, account ing fo r 43. 36% and 32. 38% o f the a . SSR prmi ers of sorghum w ere designed ba- sing on the search resu ts of SSR, according to u se the e-PCR to va idate and screen prmi ers wt o t mi es, 50 pa ir