烟草est－ssr位点分析-植物科学学报.pdfVIP

武汉植物学研究2007，25(5)：427—431 Journalo，WuhanBotanicalResearch 烟草 EST-SSR位点分析 张俊娥 ，李 芬 ，孙蒙祥 (1．武汉大学生命科学学院。植物发育生物学教育部重点实验室。武汉 43~ 2；2．河南师范大学生命科学学院，河南新乡 453007) 摘 要：利用MISA软件对烟草EST公共数据库中的简单重复序列 (SSRs)进行了分析。结果表明，在 133523条 EST序列中，共获得81757条SSR序列，SSRs之间的距离约为0．92kb。其中，六碱基重复丰度最大，占60．3％，而 单碱基、三碱基、四碱基 、二碱基和五碱基重复丰度分别为20．0％、II．0％、4．2％、2．8％和 1．7％。在单碱基 、二碱 基 、三碱基和四碱基重复模体中，丰度最大的分别是A／T、AG、AAG和A从T，而CG在编码区内丰度很低。用CAP3 软件进行冗余分析表明，在这6种类型的重复模体中，冗余与非冗余的烟草 EST之间没有显著差异。在得到的 SSR序列中随机选择 10个序列设计引物，在7个烟草品种中进行PCR扩增。结果表明，l0对引物全部扩增出PCR 产物，其中8对引物扩增出预期片段。用这8组扩增出预期片段的PCR产物进行变性 PAGE凝胶电泳检测，结果 表明，其中有4对引物 (EB4、EB5、EB6和EB8)扩增出多态性条带。 关键词：EST；微卫星；SSR；多态性 ；烟草 中图分类号：Q75；s572 文献标识码：A 文章编号：1000．470X(2007)05．0427．05 AnalysisofEST·SSRLociinTobacco(NicotianatabacumL．) ZHANGJun—E ，LIFen ，SUNMeng—Xiang’ (1．KeyLaboratoryofMinistryofEducationforPlantDevelopmentBoilogy，Collegeof蜘 Sciences。WuhanUniversity，Wuhan 430072。China； 2．Colelgeof Science，HenanNormalUniversity，Xinxiang。Henan 453007，China) Abstract：Simplesequencerepeats(SSRs)oftobaccoexpressedsequencetags(EST)inpublicdata— basewereinvestigatedbyusingcomputerprogramMISA (MlcroSAtellite)．Upto81757SSRswerefound in133523sequencesandtheaveragedistancebetween SSRswasapproximately0．92kb．Amongthem． hexanucleotiderepeats(60．3％)werethemostabundance．whilethemonomeric．trimeric．tetrameric．di— meric，andpenatmericrepeatsarerepresented in decreasing proportionsof20．0％ ，l1．0％ ，4．2％ ， 2．8％ ，and1．7％ ，respectively．ThemostabundantmotifwasA／T．AG．AAG andAAAT inmonomeric． dimeric，trimeric，and tetramericrepeats．respectively．WhereasCG richrepeats arerarely found in the codingregions．Theredundancyanalysisindicatedthatnosignificantdifferenceswereobservedbetween theredundantandnon—redundna tsetoftobaccoESTsinindividualSS