皂荚est￣ssr分子标记开发与分析评价-植物遗传资源学报.pdfVIP

植物遗传资源学报２０１７ꎬ１８(１):１４８￣１５４ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ＤＯＩ:１０.１３４３０/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｐｇｒ.２０１７.０１.０１９ 皂荚 ＥＳＴ￣ＳＳＲ分子标记开发与分析评价 １ １ꎬ２ ２ １ １ 林富荣 ꎬ邢俊连 ꎬ孟艳琼 ꎬ黄 平 ꎬ郑勇奇 １ ( 中国林业科学研究院林业研究所/ 国家林木遗传育种重点实验室/ 国家林业局植物新品种分子测试实验室/ 国家 ２ 林业局林木培育重点实验室ꎬ北京 １０００９１ꎻ 安徽农业大学林学与园林学院ꎬ合肥２３００３６) 　 　 摘要:本研究旨在开发皂荚ＥＳＴ￣ＳＳＲ分子标记ꎬ为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础ꎮ 首先通过对已公布的皂荚转 录组数据进行拼接得到４１００３ 个Ｕｎｉｇｅｎｅｓꎬ总长度７０.４ Ｍｂꎬ平均长度１７１６ ｂｐꎬＮ５０ 为２５３３ ｂｐꎮ 进一步在７００９ 个Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 中 检测到８４９４ 个ＥＳＴ￣ＳＳＲ位点ꎬ其中１２００条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ含有２ 个及以上的ＳＳＲ位点ꎬ复合型ＳＳＲｓ有３６９ 个ꎮ 针对所有ＥＳＴ￣ＳＳＲ 位点设计得到６４９４条特异性引物ꎬ随机挑选６０ 个位点进行试验验证与分析ꎬ其中４４ 对引物可扩增出特异性片段ꎬ１７ 对具有 多态性ꎬＰＩＣ值范围为０.１９５~０.７４２ꎬ均值为０.５０１ꎬ且大部分多态性位点位于ＵＴＲ 区域ꎮ 通过对皂荚近缘种进行跨种ＰＣＲ扩 增试验ꎬ结果显示在开发的４４ 对有效引物中ꎬ９ 个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂 荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有３２、３１、２３、２４、７、４０、２５、１８和１８对引物可获得有效扩增片段ꎬ说明ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记在皂荚近缘 种之间具有良好的通用性ꎮ 研究表明利用转录组数据挖掘的ＥＳＴ￣ＳＳＲ位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优 点ꎬ是林木物种开发分子标记的有效途径之一ꎮ 关键词:皂荚ꎻ转录组ꎻＥＳＴ￣ＳＳＲꎻ多态性ꎻ通用性 Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｆｏｒ Ｇｌｅｄｉｔｓｉａ ｓｉｎｅｎｓｉｓ Ｌａｍ.Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ １ １ꎬ２ ２ １ １ ＬＩＮ Ｆｕ￣ｒｏｎｇ ꎬＸＩＮＧＪｕｎ￣ｌｉａｎ ꎬＭＥＮＧ Ｙａｎ￣ｑｉｏｎｇ ꎬＨＵＡＮＧ Ｐｉｎｇ ꎬＺＨＥＮＧ Ｙｏｎｇ￣ｑｉ １ ( Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｏｆ ＦｏｒｅｓｔｒｙꎬＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ/ Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｔｒｅｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｂｒｅｅｄｉｎｇ/ Ｌａｂ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｖａｒｉｅｉｔｉｅｓ/ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｓｉｌｖｉｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ｔｈｅ Ｓｔａｔｅ ＦｏｒｅｓｔｒｙＡｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎꎬＢｅｉｊｉｎｇ １０００９１ꎻ２ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ ａｎｄＬａｎｄｓｃａｐｅＡｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅꎬＡｎｈｕｉＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＨｅｆｅｉ２３００３６) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｔｈｅ ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ ｏｆ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｉｓ ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｆｕｒｔｈｅｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ Ｇ.ｓｉｎ