利用高密度SNP检测不同猪品种间X染色体选择信号-遗传.PDFVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 10 , 34(10): 1251―1260 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01251 利用高密度SNP 检测不同猪品种间X 染色体选择信号 马云龙, 张勤, 丁向东 , , , 100193 在家猪的培育过程中, 许多重要的经济性状受到过高强度的人工选择, 高密度 SNP 标记为通过选择信 号检测追踪这些性状经历的选择提供了可能, 并能根据选择信号利用生物信息学寻找到与选择相关的基因。X 染色体由于其特殊性, 在传统的遗传分析中许多针对常染色体的方法往往不适用, 需要采取特殊的方法, 选择 信号检测可以作为一种行之有效的方法对X 染色体进行分析。文章利用长白、松辽黑猪和大白3 个猪品种, 通 过品种间选择信号检测方法XP-EHH, 利用高密度SNP 标记对X 染色体进行选择信号检测, 并通过生物信息学 分析寻找选择信号区域内重要基因。在长白、松辽黑猪和大白3 个品种中分别检测出29 、13 和 15 个选择信号 区域, 每个选择信号区域平均包含3.59 、4.92 、4.07 个SNPs, 长白和松辽黑猪、长白和大白有部分重叠选择信 号区域, 大白和松辽黑猪没有发现重叠选择信号区域。生物信息学分析发现各品种选择信号区域内有与繁殖、 免疫等性状相关基因, 其中部分在猪中尚未见报道, 可作为研究猪相关性状的重要候选基因。 X 染色体; 选择信号; 猪 Detecting selection signatures on X chromosome in pig through high density SNPs MA Yun-Long, ZHANG Qin, DING Xiang-Dong College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of the Minis- try of Agriculture, National Engineering Laboratory For Animal Breeding, Beijing 100193, China Abstract: In the process of domestic pig breeding, many important economic traits were subject to strong artificial se- lection pressure. With the availability of high density single nucleotide polymorphism (SNP) markers in farm animals, se- lection occurring in those traits could be traced by detecting selection signatures on genome, and the genes experiencing selection can also be further mined based on selection signatures. Due to the special characteristic of X chromosome, many approaches of genetic analysis fitted for autosome are not plausible for X chrom