R-基础教程.pdf

语言入门 张金龙 jinlongzhang01@ 中国科学院植物研究所 2009. 12.9 报告内容 一R简介 二函数与对象 三编写脚本 四R绘图 五编写函数 六数据保存 一 R 简介 R语言的由来 o R语言是从S语言演变而来的。 o S 言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。 o 基于S 言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、 建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。 o 1995年由新西兰Auckland 大学统计系的Robert Gentleman 和Ross Ihaka ，编写了一种能执行S 言的软件，并将该 软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R 言。 R软件简介 R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。 R可在多种操 系统下运行，如Windows、MacOS 、 多种Linux和UNIX等。 R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理 运算， 法简单灵活。 目前在R 网站上约有2100个程序包，涵盖了基础统 计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计 学、生物信息学等诸多方面。 下载和安装R The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN ，提供下载安装程序和相应软件包。 R主页/ Windows版本下载地址之一： /mirrors/CRAN/bin/windows/base/ R-2.9.2-win32.exe 下载完成后，双击R-2.9.2-win32.exe 开始安装。 一直点击下一步，各选项默认。 图1 R软件首页 http://www.r-proje / 菜单栏 快捷按钮 控制台 命令行 图2 R登陆界面(Windows版) 路径：开始所有程序R 2.9.2 图3 R Gui 的菜单介绍 练习一：下载和安装R 下载并安装R软件 了解R的菜单 R程序包 为什么要安装程序包？ 特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：系统发育分析，往往要用到ape程序包，群落生态 学vegan 包等等。 程序包是什么？ R程序包是多个函数的集 ，具有详细的说明和示例。 Window下的R程序包是已经编译好的zip 包。 每个程序包包含R 函数、数据、帮助文件、描述文件等。 常用R程序包 base- R 基础功能包 stats- R统计学包 nlme- 线性及非线性混合效应模型 Graphics- 绘图 lattice- 栅格图 ape- 系统发育与进化分析 apTreeshape- 进化树分析 seqinr- DNA序列分析 ade4- 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 常用R程序包 cluster- 聚类分析 ecodist- 生态学数据相异性分析 mefa- 生态学和生物地理学多元数据处理 mgcv- 广义加性模型相关 mvpart- 多变量分解 nlme- 线性及非线性混合效应模型 ouch- 系统发育比较 BiodiversityR - 基于Rcmdr的生物多样性数据分析