基于重测序的大豆新品种齐黄34的全基因组变异-中国油料作物学报.pdfVIP

中国油料作物学报 ２０１６，３８（２）：１５０－１５８ ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＯｉｌＣｒｏｐＳｃｉｅｎｃｅｓ ｄｏｉ：１０．７５０５／ｊ．ｉｓｓｎ．１００７－９０８４．２０１６．０２．００３ 基于重测序的大豆新品种齐黄３４的全基因组变异挖掘 张彦威，李　伟，张礼凤，王彩洁，戴海英，徐　冉 （山东省农业科学院作物研究所，山东 济南，２５０１３１） 　　摘要：为全面揭示大豆优良品种和重要亲本的全基因组突变类型，采用高通量重测序技术，对大豆品种齐黄 ３４进行全基因组重测序，测序深度１３×，共检测到１５１９４９４个单核苷酸多态位点，３５７５４９个小片段插入缺失位 点，４５０６个结构变异；这些变异共导致了１７７４８基因变异；大量光周期相关的重要基因发生突变，其中包括ＣＲＹＰ ＴＯＣＨＲＯＭＥ２、ＧＩＧＡＮＴＥＡ、ＴｉｍｉｎｇｏｆＣＡＢｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ１、Ｅ１、ＰＨＹＴＯＣＨＲＯＭＥＡ、ＦｌｏｗｅｒｉｎｇＬｏｃｕｓＴ、ＣＯＮＳＴＡＮＳ、Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｆｌｏｗｅｒｌｉｋｅ等，齐黄３４为Ｅ１基因型。本研究为分子标记辅助选择提供了重要的标记资源。 关键词：全基因组重测序；单核苷酸多态；小片段插入缺失；结构变异；基因变异 中图分类号：Ｓ５６５．１０３　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００７－９０８４（２０１６）０２－０１５０－０９ Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓｏｆｓｏｙｂｅａｎｃｕｌｔｉｖａｒＱｉｈｕａｎｇ３４ｂｙｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｒｅ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ＺＨＡＮＧＹａｎ－ｗｅｉ，ＬＩＷｅｉ，ＺＨＡＮＧＬｉ－ｆｅｎｇ，ＷＡＮＧＣａｉ－ｊｉｅ，ＤＡＩＨａｉ－ｙｉｎｇ，ＸＵＲａｎ （ＣｒｏｐＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＳｈａｎｄｏｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｊｉｎａｎ２５０１３１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｆｏｒａｎｏｖｅｒａｌｌｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇｏｆｔｈｅｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｏｆｉｍｐｏｒｔａｎｔｓｏｙｂｅａｎｂｒｅｅｄｉｎｇｐａｒｅｎｔａｎｄｅｌｉｔｅ ｃｕｌｔｉｖａｒＱｉｈｕａｎｇ３４，ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｗａｓｕｓｅｄｂｙｒｅ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｗｉｔｈ１３×ｄｅｐｔｈｔｏｄｅ ｔｅｃｔｉｔｓｖａｒｉａｔｉｏｎｓ．Ｒｅｓｕｌｔｓｒｅｖｅａｌｅｄ１５１９４９４ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ（ＳＮＰｓ），３５７５４９ｓｍａｌｌＩｎｄｅｌｓａｎｄ ４５０６ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅｙｃｏｎｆｅｒｅｄ１７７４８ＤＮＡｖａｒｉａｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅｓｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｎｃｌｕｄｅｄｋｅｙｐｈｏｔｏｐｅｒｉｏｄｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ，ｓｕｃｈａｓＣＲＹＰＴＯＣＨＲＯＭＥ２，ＧＩＧＡＮＴＥＡ，ＴｉｍｉｎｇｏｆＣＡＢｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ１，Ｅ１，ＰＨＹＴＯＣＨＲＯＭＥＡ，Ｆｌｏｗｅｒ ｉｎｇＬｏｃｕｓＴ，ＣＯＮＳＴＡＮＳ，ＴｅｒｍｉｎａｌＦｌｏｗｅｒｌｉｋｅ，ｅｔａｌ．ＲｅｓｕｌｔｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔＱｉｈｕａｎｇ３４ｗａｓＥ１ｇｅｎｏｔｙｐｅ．Ｔｈｅａ ｂｏｖｅＳＮＰｓ，Ｉｎｄｅｌｓａｎｄｓｔｒｕｃｔｕｒｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓｗｏｕｌｄｂｅｃｏｍｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｍａｒｋｅｒ－ａｓｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎｆｏｒｓｏｙ ｂｅａｎｂｒｅｅｄｉｎｇ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｒｅ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ；Ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；ＳｍａｌｌＩｎｄｅｌ；Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｖａｒｉａ ｔｉｏｎ；ＤＮＡｖａｒｉａｔｉｏｎ 　　大豆是我国重要的粮油饲兼用作物，在国民经 大豆新品种，既费时又费力。大豆基因组测序的完 ［２］ 济发展中具有重要的战略地位。然而由于进口大豆