改变原子性质.PPTVIP

ACD/ChemSketch 吴宪明 二○○七年六月 什么是ACD/ChemSketch ACD/ChemSketch是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。 ChemSketch主要功能 结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。 画图模式：用于文本和图象处理 分子性质模式：对以下性质进行估算： 结 构 模 式 画 图 模 式 1.画简单的结构 ? 画原子, 化学键和标签 ? 翻转分子结构式. ? 选择, 旋转和扩大与缩小结构图 ? 将结构式输出至文件夹, 文件及打印机 清理屏幕 画原子 化学键:双键和三键 去除与恢复 Delete 恢复键(Undo) 改变原子 单击原子工具条下的元素周期表( Periodic Table)键 ,打开元素周期表( Periodic Table of Elements): 正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous) 使用“清洁” (Clean)命令 使用立体键、配位键和非定义化学键工具 除了常见的化学键外,还有以下各种化学键： 在立体结构中, 远离您的键 在立体结构中,指向您的键 配位键 非定义键 单击化学键图标,在您所画的化学结构中,点击化学键可以将化学键变为以上各种化学键.对于立体键或配位键，重复点击将改变它们的方向。 编辑原子标签 编辑原子标签工具 ——用简短的缩写代替最终端的原子。 翻转结构 选择、旋转和3D旋转 可以选择以下两键来选择原子、化学键和图象： 套索选择 (Lasso Selector) 矩形选择 (Rectangle Selector) 一旦选择了图象，有三种移动方式： 移动 (Move) 旋转/调整 (Rotate/re-size) 3D旋转 (3D Rotate) 或进行其他操作： 删除 (Delete) 3D 优化 (3D Optimization) 2D 优化 ，或清理(2D Optimization，Clean) 输 出 输出的方式有存盘, 打印或者插入其他文件中, 如: MS Word, Excel等. 保存 ChemSketch (SK2) 文件 画更复杂的结构 如何用化学基团表画化学基团; 如何迅速地画环结构; 如何删除和替换原子; 如何画双键和三键; 如何画原子的电荷,阳离子和阴离子; 如何改变不同原子的性能. 使用基团表 化学基团表(Table of Radicals) 中包括预先画好的氨基酸及其保护基的结构，还有核苷酸及其他常用结构。 使用环结构 替换原子 标定电荷和定义阳离子与阴离子 点击原子工具栏中的Increment (+) Charge 键 的右下角的三角形扩展得到以下各项: Increment (+) Charge 正电荷 Decrement (-) Charge负电荷 Radical自由基; Positive Radical Ion正离子基; Negative Radical Ion负离子基. 改变原子性质 如果要显示ChemSketch 结构中原子的化合价或同位素质量，或者改变原子的大小，此时需要对原子性质进行编辑。 选中——双击左键 选择原子性能,以下是各个键的功能： C-原子符号(Atom symbol) H-伴随的氢原子(attendant hydrogens) n-伴随的氢原子数(index of the attendant hydrogens) q-电荷(charge) V-化合价(valence) 同位素质量(isotopic mass) N-分子中的原子编号(numbering of atom in the overall molecule) 超级结构,简化线性分子式和化学反应式 利用2D优化和清理(Clean)功能画环烷烃和氨基酸 将化学结构式转化成简化线性分子式(SMILES)及做相反的转化 3D Optimization 画化学反应式 2D优化和清理(Clean) 例：缩氨基酸 Tyrosine + Alanine + Tryptophan 创建简化线性分子式 简化线性分子式( SMILES,全称Simplified Molecular Input Line Entry Specification) 线性分子式?结构式 从工具菜单栏 ( Tools) 选择 Generate Structure from SMILES命令,结构式将出现 另外一种方法是选择工具菜单栏下的Generate Structure from SMILES命令,以下对