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2017-12-13 发布于贵州
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蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发.pdf

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蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发

园艺学报，2016 ，43 (3) ：557 –563. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0659；http ：//www. ahs. ac. cn 557 蓝靛果忍冬转录组 SSR 信息分析及其分子标记开发张庆田，李晓艳，杨义明，范书田，艾军* （中国农业科学院特产研究所，长春 130112 ）摘要：利用 MISA 软件筛选蓝靛果忍冬（Lonicera caerulea L. ）转录组测序获得的 45 656 条 Unigene ，共检测出 14 841 个 SSR 位点，分布于 11 251 条 Unigene 中，出现频率为 32.51%，平均分布距离为 2.58 kb 。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总 SSR 位点的 34.81%，42.79%和 20.64% 。二核苷酸重复基元中以 AG/CT 为优势重复基元，占总位点 27.2% ，三核苷酸重复基元以 AAG/CTT 为主，占6.18% 。利用 Primer 3.0 共设计出 21 867 对 SSR 引物。随机选择 20 对引物进行 PCR 扩增，其中 8 对扩增出清晰可重复的条带，5 对在 16 个蓝靛果忍冬材料中表现出多态性。利用 UPGMA 作图，将 16 份供试材料分为 3 类。丰富的 SSR 多态性为蓝靛果忍冬遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。关键词：蓝靛果忍冬；SSR；转录组；多态性中图分类号：S 663 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2016 ）03-0557-07 Analysis on SSR Information in Transcriptome and Development of Molecular Markers in Lonicera caerulea * ZHANG Qing-tian ，LI Xiao-yan ，YANG Yi-ming ，FAN Shu-tian ，and AI Jun （Institute of Special Wild Economic Animals and Plants ，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Changchun 130112， China） Abstract ：Forty-five thousand six hundred and fifty-six unigenes from fruit transcriptome of Lonicera caerulea L. were screened using MISA software. A total of 14 841 SSRs that occurred in 11 251 unigenes were identified ，and the frequency of these SSRs was 32.51% and mean distance was 2.58 kb in the unigenes. Mononucleotide ，dinucleotide and trinucleotide were major types，accounting for 34.81%， 42.79% and 20.64% ，respectively. The dinucleotide repeat motifs of AG/CT were the predominant repeat types （27.2% ）. The trinucleotide repeat motifs of AAG/CTT were the predominant repeat types （6.18% ）. Twenty-one thousand eight