基于枚举策略的三倍体个体单体型重建算法-计算机科学.PDFVIP

第 44 卷第1 期 Vo l. 44 No. 1 计算机科学 2017 年 1 月 COMPUTER SCIENCE Ja口.2017 基于枚举策略的三倍体个体单体型重建算法 张倩1 吴1景莉1，2 ， 3 (广西师范大学计算机科学与信息工程学院 桂林 541004)1 (广西师范大学广西多源信息挖掘与安全重点实验室 桂林 541004)2 (广西区域多源信息集成与智能处理协同创新中心 桂林 541004)3 摘 要 求解三倍体个体羊体型对于探索三倍体物种的遗传特性和表型差异等方面的研究具有重要的推动作用。针 对带基因型信息的最少错误更正(MEC/Gl)模型，提出了一种基于枚举策略的三倍体个体单体型重建算法 EHTR。 该算法依次重建3 条羊体型上的每一个羊核普酸多态性位点取值，对于给定位点，首先根据其基因型取值枚举该位点 的 3 种单体型取值情况，然后选择片段支持度最高的取值作为该位点的重建值，算法的总时间复杂度为 O(mn+ mlogm+呐。。采用 CELSIM 和 M巳taSim 两种测序片段模拟生成器生成实验测试数据，在片段覆盖率、错误率、单片 段长度、羊体型长度和羊体型海明距离等参数的不同设置下，对算法 EHTR， GTIHR ,W-GA 和Q-PSO 的重建率和运 行时间进行对比分析。实验结果显示，算法 EHTR 在不同的参数设置下均能以更短的运行时间获得更高的重建率。 关键词 序列分析，三倍休，羊体型，基因型，最少错误更正，枚举 中图法分类号 TP301 文献标识码 A DOI 10, l1S96/j , issn, 1002-137)立 2017， 0 1. 014 Triploid Individual Haplotype Reconstruction Algorithm ßased on Enumeration Strategy 1 1 ZHANG Qian WU Jing-li ,2,3 C College of Computer Science and Information Technology ,Guangxi Normal University ,Guilin 541004 ,China)1 CGuangxi Kcy Lab of Multi-sourcc Information Mining . Sccurity ,Guangxi Noηnal Univcrsity ,Guilin 541004 ,China)2 CGuangxi Collaborative Innovation Center of Multi-source Infoπnation Integration and Intelligent Processing ,Guilin 541004 ,China)3 At附tract Determining triploid individual haplotype plays an important role in promoting the study of exploring genetic traits and phenotypic differ