中科大 Materials Studio 培训教程10（包你学会）请将这一系列全看完，一定有收获。.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * In Pawley refinement, all peak intensities are independent adjustable parameters and the Rwp values obtained therefore represent the lower limit for the Rwp values obtained by Rietveld refinement. * * * Reflex plus的应用举例 Reflex Plus: 用于从粉末衍射数据推出晶体结构，一般分为四步：indexing, Pawley fitting, structure solution, and Rietveld refinement. Indexing：利用粉末衍射谱中的峰位确定晶系和估计晶格常数（TREOR90，DICVOL91，ITO15 or X-Cell）。 Pawley fitting: 精确确定晶格常数、实验及样品相关的参数（零点校正，背底参数，峰型参数. 进一步利用峰强信息通过Pawley refinement得到材料可能的空间群。 Structure solution： 通过Powder Solve确定晶胞中原子的位置。 尝试不同的原子排列以得到最低的Rwp。（结构对称性，原子或基团的自由度，基团的构型需要预先用量子化学的方法计算）。 Rietveld refinement：用Rietveld refinement 改进结构。 例：从Fin31衍射数据得到Fin31的晶体结构 一、Indexing：导入Fin31的衍射谱，去背底，平滑，剥离Ka2产生的衍射峰。 fin31 (Background Removed) (Smoothed) (Stripped).xcd 可放大查看所选的峰是否合适 二、 Pawley refinement：得到晶格常数、峰型参数、空间群、样品参数等信息。 可再做一次精修, Rwp=7.75% 保存精修设置 搜索可能的空间群 对具有对称性的空晶胞精修 三、Structure solution：尝试往晶胞中添加原子。 把empty_cell_P63m_refined.xsd另存为empty_cell_P63m.xsd Build?Crystals?Rebuild Crystal Options tab?Ignore special positions?Rebuild 添加原子： Fin31分子式：Ca5F(PO4)3，密度：3.2 g/cm3 画出Ca原子，拷贝后黏贴到empty_cell_P63m.xsd五次 同样画出F原子，拷贝后黏贴到empty_cell_P63m.xsd 画出PO4基团 用vamp做构型优化 把优化后的基团黏贴到empty_cell_P63m.xsd三次 3.2？？ 原子应该在特殊位置 按照晶体学国际表，P63/m对称性的晶胞中特殊点的等效位分别是2,4,6个，而一般点的等效位是12. 如果一个原子处于等效位有ms的位置，而一般位置的等效位置为mg，则它的占据比为ms/mg. 因此，P63/m中等效位为 2, 4和6相对应的占据比分别为1/6, 1/3, 1/2. 满足此要求的所有的组合有： 等效位个数是2的特殊位置是4个，而且F必须占据一个1/6(2)的位置。 仍有多种可能，从简单到复杂进行尝试 从empty_cell_P63m.xsd中删除所有原子，修改Ca原子的占据比为0.3333333。设定原子的运动自由度，然后把原子拷贝黏贴到empty_cell_P63m.xsd。再设Ca占据比为0.5，同样拷贝黏贴。设F占据比为0.1666667，同样拷贝黏贴。 设PO4占据比为0.5，同样拷贝黏贴 把empty_cell_P63m.xsd改名为FIN31.xsd Powder Solve: 四、Rietveld refinement 把FIN31 Reflex PSolve\FIN31 Solution.xsd.重命名为FIN31_intermediate.xsd，并把所创建的group都删除(点选椭球后删除)，重建晶体。 选择所有的原子，occupancy?1.0， 把FIN31_intermediate.xsd另存为 FIN31_refinement.xsd. 选择所有的原子 清除所有其它选项，Refine;然后再选上U, V, W, NA, NB, 零点、背底，晶胞参数（a, b, and c），温度因子 ?isotropic atomic ?0.0045。 Refine 与Pawley精修的结果差不多，可以不必再精修 visualize the thermal ellipsoid