纤毛虫DNA条形码候选基因的研究Study on the candidate genes of DNA bar code for ciliate.pdf

万方数据 谨以此文献给我的家人和导师 赵 研 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 纤毛虫DNA 条形码候选基因的研究—摘要 纤毛虫DNA 条形码候选基因的研究 摘 要 生物多样性是人类赖以生存和环境可持续发展的基石，认识和保护生物多样 性是全世界生物学家面临的重要课题，也是所有世界公民均需承担的重要责任。 原生生物和其他微生物由于个体微小常在生物多样性研究中被忽略。在微食物网 的物质和能量流动中扮演重要角色的纤毛虫 (Ciliophora, Alveolata) 历数10 亿多 年的进化演替形成今天结构高度特化、多样性极高的一类原生动物。很多研究证 明纤毛虫的生物多样性研究可以为演化生物学、细胞生物学、分子生物学及生态 学等学科提供重要的数据支持和素材模型。但由于传统分类学的局限性，纤毛虫 原生动物的生物多样性研究一直比较落后且面临很多困难。在此背景下，作者博 士期间主要开展了纤毛虫生物多样性研究中DNA 条形码分子标记的筛选和评估 工作，明确了纤毛虫原生动物适用的DNA 条形码基因，在此基础上可以开展更 多的纤毛虫生物多样调研工作，以期更好的挖掘和利用该类生物在以上研究领域 的潜在功能和研究价值。 1. 寡膜纲和旋唇纲内四个主要代表阶元的条形码基因的评估和筛选 (1) 基于Cox I 基因的DNA 条形码技术在草履虫物种鉴定中的可行性探讨： 本工作我们选取纤毛虫Oligohymenophorea 纲的代表属草履虫 (Paramecium) 作 为研究对象，利用多个近缘种和种群的Cox I 基因 (包括本工作提交至GenBank 数据库的148 条Cox I 基因新序列) 进行了单倍型网络分析，生物地理学分析， 异质性检验分析等，提出Cox I 基因个体异质在同种群的草履虫纤毛虫中普遍存 在及不同种不同水平的细胞内异质性现象，另外也提出了线粒体假基因在纤毛虫 中存在的可能；通过系统树构建及变异贡献来源分析等，证实了Cox I 基因可作 为草履虫近缘物种区分的DNA 条形码基因，同时发现该基因丰富的遗传变异有 助于我们发现那些隐存种和认识更多的纤毛虫物种多样性。 万方数据 纤毛虫DNA 条形码候选基因的研究—摘要 (2) 利用核基因作为旋唇纲丁丁类分子标记的功效初探：本工作通过对比一 些近缘丁丁类纤毛虫 (包括4 个科5 个属) 的ITS2 二级结构及基于ITS-5.8S (包 括本工作提交GenBank 数据库的11 条新序列) 和SSU rDNA 的系统树构建分析， 阐述了丁丁类传统分类学中依据透明质壳和凝集质壳特征等特征定种的非确定 性，并发现这些特性在系统发生关系上可多个属多源发生因此并没有太多的种类 鉴定价值。相比而言，分子信息在一定程度上纠正上述错误并帮助一些近缘丁丁 类纤毛虫的系统地位的识别和确定。此外，我们还发现ITS2 二级结构信息可在 一定程度上较清晰的反映丁丁类近缘种的遗传差异。 (3) 评估线粒体及核基因作为前口虫条形码候选基因的功效：本工作中我们 选取纤毛虫寡膜纲中与草履虫近缘的一批形态信息较完善的前口虫 (Frontonia) 作为研究对象，通过对16 个种34 个不同样本的三个核基因及线粒体Cox I 基因 的序列扩增 (本工作共提交多基因新序列至GenBank192 条)，核基因不同变异区 及Cox I 遗传距离的分析、系统发生树构建及基于形态学特征的对比分