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Genetic control of rice plant architecture under domestication 驯化条件下基因对水稻的控制精细定位转化载体T2转基因株系独立的转基因株系个残基 对比Teqing和野生稻包含PROG1启动子以及ORF的2.749KB长序列，显示了六种突变。其中发现了ORF的2种碱基替换，包括并M5这种未造成氨基酸变异的一碱基替换，以及另一种在Teqing中发生单碱基替换的M6，由丝氨酸代替了原来在野生稻中的苏氨酸T152S。其他四种突变，包括三种单碱基替换突变（M1、M2、M3）和发生在Teqing中在PROG1启动子的双碱基插入突变（M4）。我们后来完成了水稻转化实验来检测这两种突变的作用。我们构建了包括了M5、M6两种替换的2种定点突变。我们分别将Teqing的M5、M6位点的G和T改变为野生稻的A(Fig. 3b)。这些突变我们将其转化入了zhuonghua11。我们获得了21种带有M5和25种带有M6的独立转基因株系。但是所有M6表现出野生稻株型，但没有一个M5表现出与野生稻相似的株型。这些结果说明了PROG1蛋白上M6位点的苏氨酸Thr152对野生稻株型起到重要作用。M5转基因株系的表型毫无变化，事实上其碱基突变并无造成ORF上的氨基酸改变。 为了评估这六种突变的进化方向，我们分析了13种水稻变种，包括6种籼稻和7种粳稻还有3种额外的野生稻(Fig. 3f)。我们发现所有的水稻变种在ORF都有相同的M5及M6序列，而野生稻没有。M5突变是没有功能的，因此我们认为在M6位点氨基酸替换（功能性突变）是在获得满意株型的驯化过程中人为选择的目标。另外，所有13种水稻变种在启动子都有M1、M4突变序列，而野生稻没有(Fig. 3f)。然而,剩下两种在启动子区域的突变位点M2、M3，在这些水稻变种中检测到序列多态性(Fig. 3f)，即有些栽培稻和野生稻中都有相同的序列。 蛋白序列分析证明PROG1在N-末端包含一个单一高度保守的C2H2-type型锌指结构域(Fig. 3a)，表明PROG1是一个转录子。文献检索表明除了锌指结构域，PROG1与水稻或其他生物的蛋白都不相同，这表明PROG1是一个新的锌指蛋白。为了搞清楚PROG1是否是转录因子，我们进行了亚细胞局部实验和转录活性实验。洋葱表皮细胞的短暂表达实验表明GFP-PROG1 (PROG1 from wild rice) 局限于核内(Fig. 4a)，这说明PROG1是一个核内转录因子。转录活性实验表明酵母中PROG1 (wild rice) and BD (GAL4 binding domain) 结合蛋白导致high reporter gene expression (Fig. 4b)，表明PROG1有很强的转录活性。野生稻与Teqing的PROG1的活性水平（activation levels）并没有不同，表明M6位点的氨基酸替换并不会影响转录活性，但可能会影响PROG1蛋白与其他蛋白之间的相互作用。此外，为了弄清楚PROG1的转录活性域我们进行了缺失分析（deletion analysis ）。N-末端1-69个氨基酸之间的缺失仍然有相对较高的转录活性，而C-末端的70-167个氨基酸之间的缺失则是活性大大降低(Fig. 4b),这表明C末端对于PROG1德转录活性来说是必须的。总的来说，PROG1是有活性的转录因子，且它的活性区域在C末端。 逆转录PCR (RT-PCR)分析表明PROG1 基因在NIL(PROG1) 和 Teqing中的表达能被检测到，PROG1在基部节间产生蘖芽的地方表达，但NIL(PROG1) 的表达水平要高于Teqing (Fig. 4c)。实时PCR（real-time PCR）的数据更表明这一点(Supplementary Fig. 2 online)。另一方面，NIL(PROG1) 和 Teqing 的成熟叶片和根中PROG1的表达非常低(Supplementary Fig. 3 online)。这些结果暗示启动子区域的突变可能不影响PROG1转录的mRNA的立体结构，但可能会改变基部节间mRNA表达的数量。早前报道过另一个水稻驯化相关的sh4基因，sh4基因启动子区域的突变会影响其表达的量变，它在野生稻中的表达要高于栽培稻，然而sh4蛋白的一个氨基酸的替代主要导致谷粒的脱粒性。在我们的研究中，PROG1基因表达的数量差异可能是该基因对株型细小调整的选择结果。进一步对多种野生稻和栽培稻PROG1基因表达的比较进行研究，将会得到关于驯化过程中理想株型遗传基础的更深见解。 为了测定PROG1基因的表达方式，我们进行了一个RNA原位杂交试验(Fig. 4d–f)。我们发现PROG1的克隆在腋生分