CpG岛的HMM.ppt

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2017-12-13 发布于江西
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CpG岛的HMM

例：CpG岛的HMM 存在两种状态：是CpG岛 (CpG Island, I)，不是CpG岛 (Genome, G) CpG岛：HMM 1. Hidden: 对当前未知的碱基，跳转到下一个位置，究竟是I还是G的概率，未知 2. Observable: I和G中的四种碱基分布的概率能够通过实际数据的观测进行计算 CpG岛：HMM (2) CpG岛：HMM (3) 预测CpG Island: Viterbi算法 1. 给定序列：ATCGCA,预测CpG的位置? CpG Island: Viterbi算法 (1) CpG Island: Viterbi算法 (2) CpG Island: Viterbi算法 (3) CpG Island: Viterbi算法 (4) CpG Island: Viterbi算法 (4) CpG Island: Viterbi算法 (5) CpG Island: Viterbi算法 (6) * 0.5 0.5 0.5 0.5 转移概率发散概率通过计算得到转移概率发散概率初始概率：0.5 T- 0.15 A- G- C- T+ 0.1 A+ G+ C+ 1 β A C G C T A v 0.5*0.2 0.5*0.3 0.0225 T- 0.15 A- G- C- 0.015 T+ 0.1 A+ G+ C+ 1 β A C G C T A v 0.15*0.5*0.2 0.15*0.5*0.3 0.1*0.5*0.3 0.1*0.5*0.2 0.0225 T- 0.15 A- G- 0.00225 C- 0.015 T+ 0.1 A+ G+ 0.0034 C+ 1 β A C G C T A v 0.0225*0.5*0.2 0.015*0.5*0.3 0.0225*0.5*0.3 0.015*0.5*0.2 0.0225 T- 0.15 A- 0.00034 G- 0.00225 C- 0.015 T+ 0.1 A+ 0.0005 G+ 0.0034 C+ 1 β A C G C T A v 0.00225*0.5*0.2 0.00225*0.5*0.3 0.0034*0.5*0.2 0.0034*0.5*0.3 0.0225 T- 0.15 A- 0.00034 G- 0.00005 0.00225 C- 0.015 T+ 0.1 A+ 0.0005 G+ 0.000075 0.0034 C+ 1 β A C G C T A v 0.0005*0.5*0.3 0.0005*0.5*0.2 0.0034*0.5*0.3 0.0034*0.5*0.2 0.0225 T- 0.0000112 0.15 A- 0.00034 G- 0.00005 0.00225 C- 0.015 T+ 0.0000075 0.1 A+ 0.0005 G+ 0.000075 0.0034 C+ 1 β A C G C T A v 0.000075*0.5*0.2 0.000075*0.5*0.3 0.00005*0.5*0.3 0.00005*0.5*0.3 0.0225 T- 0.0000112 0.15 A- 0.00034 G- 0.00005 0.00225 C- 0.015 T+ 0.0000075 0.1 A+ 0.0005 G+ 0.000075 0.0034 C+ 1 β A C G C T A v * * *