不同地理种群栖稻假单胞菌株的16S rRNA基因序列.pdfVIP

中国热带医学 2012 年第12卷第12期 China Tropical Medicine，December 2012 ，Vol. 12，No.12 ·1453 · ·论 著· 不同地理种群栖稻假单胞菌株的16S rRNA 基因序列分析 吴至成 ，伍丽娴 ，李丽花 ，吴琳1 2 2 2* 摘要：目的 分析栖稻假单胞菌不同地理种群株16S rRNA 基因序列，构建系统发育树。方法 将1株栖稻假单胞 菌海南临床分离株的16S rRNA 基因进行PCR 扩增并测序，并与从GenBank 中挑选出的其他29 株不同来源的栖稻假单 胞菌的16S rRNA 基因序列进行对比分析，并绘制系统发育树。结果 系统发育分析表明大部分菌株可根据地理区域 的不同分为3 个簇，序列分析显示某些可变区可能存在区分不同区域菌株的关键序列。结论 栖稻假单胞菌基因型及 表现型具有多样性；大部分栖稻假单胞菌可根据16S rRNA 基因序列鉴别不同地理种群株。 关键词：栖稻假单胞菌、16S rRNA、系统发育分析 R378.99 A 中图分类号： 文献标识码： 文章编号：1009-9727(2012) 12-1453-04 Phylogeneticanalysisof Pseudomonas oryzihabitans ofdifferentgeographicalpopulationsbasedonpartial sequencesof 16SrRNAgene. WU Lin, LI Li-hua ,WU Li-xian* 。（DepartmentofPathogenbiology,HainanMedical College,Haikou571199,Hainan,P.R.China；Correspondingauthor:WULin,Email:woshiwulin728@163.com.） Abstract:objective To construct phylogenetic tree based on the gene analysis of Pseudomonas oryzihabitans 16S rRNA in different geographical population. Methods The 16S rRNA gene of the Hainan clinical Pseudomonas oryzihabitans strain was amplified, sequenced and compared with 16S rRNA sequences of others 29 Pseudomonas oryzihabitans strains from GeneBank, and a phylogenetic tree was created. Results The phylogenetic tree analysis showed that according to different geographical population, most of Pseudomonas oryzihabitans strains could e divided into three branches. Furthermore, sequencing analysis showed the key sequences in variable region might existed that allowed to differentating different geographical strains. Conclutions The genotype and phenotype of different geographical Pseudomonas oryzihabitans are d