小鼠中血清因子结合位点位置分布及保守性的生物信息学.pdfVIP

2041 现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine Vol.11 NO.11 JUN.2011 · · 小鼠中血清因子结合位点位置分布及保守性的生物信息学分析* 沈 霞 谭从娥 陈 莹 冯居君 张 鑫 （陕西中医学院药学院 陕西西安712046） 摘要目的：血清反应因子在与心血管相关的疾病基因调控方面的作用越来越重要。血清反应因子识别的结合位点CArG 元件因 其重要的基因调控作用近年来随之备受关。本研究目的是揭示血清因子结合位点的位置分布与功能的关系及CArG 元件内部各 CArG GO 个位点的保守性。方法：本研究应用生物信息学方法结合遗传学方法对小鼠中 元件的位置分布、位点替换率及 分类进 71% CArG CArG 行深入研究。结果：结果表明， 的功能 元件分布在转录起始位点上游，且距离转录起始位点越近， 元件的数量越 GO CArG 多。保守性分析发掘出元件内部的替换冷点、热点及替换规律。 分类结果显示， 依赖性基因多为信号转导和细胞骨架蛋 白。结论：上述研究结果将为准确预测候选CArG 元件提供重要理论基础，同时也将为更为深入阐述SRF 的调控模式奠定基础。 CArG 关键词：血清因子结合位点； 元件；生物信息学；替换率；位置分布 Q95-3 Q-33 A 1673-6273 2011 11-2041-04 中图分类号： ， 文献标识码： 文章编号： （ ） Bioinformatics Analysis of Position Distribution and Conservation of Serum Response Factor Binding Site in Mice* SHEN Xia, TAN Cong -e, CHEN Ying, FENG Ju -j un, ZHANG Xin (Shanxi university of Chinese medicine, Xhanxi, Xi an, 7 12046, China) ABSTRACT Obj ective: The serum response factor is one of the valuable transcription factors because of its important role in gene expression. In turn, cis-elements CArG bound by serum response factor is getting more and more attention. This study is going to reveal the position distribution and conservation of CArG elements. Methods: We study the position distr