重测序挖掘候选功能基因重测序与连锁分析挖掘性状相关基因.PDFVIP

重测序挖掘候选功能基因 重测序与连锁分析挖掘性状相关基因 在传统的育种工作中，育种家们首先进行品种或品系间的杂交，然后从分离后代中通过 表型观察选择理想的重组基因型。这是个耗时费力的过程。一方面，有些重要性状如抗性、 品质等的表型观测十分困难；另一方面，大多数重要的性状都是数量性状，易受环境影响， 使选择的准确性不高。当孟德尔和摩尔根建立基因学说之后，育种家们就希望能变表型选择 为基因型选择。 遗传连锁图谱(genetic linkage map)指以分子标记为主体构成的染色体线状图，它表示不 同分子标记在染色体上的相对位置或排列情况，如下图所示。 遗传连锁图谱示例 注：如上图所示，A4 ，A5 ，A6 为3 条连锁群。连锁群左边表示分子标记的名称和标记之间的相对位置； 连锁群右边表示标记之间的遗传距离。 数量性状是一类受多基因控制的复杂性状，在分离后代中呈现连续的表型变异。这些多 基因被称作数量性状基因位点(quantitative trait loci, QTL )，它们一般对表型具有较小的贡献 率，同时易受到环境因素和遗传背景的影响，很难鉴定。作物中大多数重要的经济性状或农 艺性状，如产量、品质和病虫害抗性等，都是数量性状，因此研究数量性状将对农作物的遗 传改良具有巨大的意义。 QTL定位则是分析遗传图谱上的分子标记与数量性状表型值之间的关系，即当标记与特 定性状连锁时，不同标记基因型个体的表型值存在显著差异，从而确定各个数量性状位点在 染色体上的位置、效应，甚至各QTL间的相互作用。QTL定位的基础是遗传连锁图谱，一张 高精度的遗传图谱将对后续的QTL精细定位及图位克隆提供极大的帮助，分子标记密度增加 效果见下表。 加密图谱后QTL 精细定位及图位克隆的比较 重测序前 重测序后 图谱密度 一般 高 利用密集的分子标记对大群体 标记密度不够，难以找到与目标QTL 连锁 进行分析，样本量大的情况下， 精细定位 紧密的标记，需另外在目标QTL 区段内加 可迅速地将目标QTL 缩小到 密标记 一个很小的区域 根据与目标QTL 紧密连锁的 用与目标QTL 加密连锁的标记筛选DNA 标记以及全基因组序列信息， 图位克隆 文库，通过染色体步行的方法找出目标克 可实现目标QTL 区域遗传图 隆，测序得到序列信息 谱和物理图谱的整合，很快得 到该区域的基因组序列 若标记密度不够，难以精细定位。染色体 步行的主要困难在于，当必须经过一个无 难点 法克隆的片段时，步行的过程会被打断； 当克隆的一端是重复序列时，步行的方向 会步入歧途 图谱加密，图谱密度的高低直接影响着QTL定位的准确性，因此如何得到一张高密度的 遗传图谱一直都是研究的热点。 基于全基因组重测序构建图谱，经过全基因组重测序获得的序列信息与参考基因组比对 之后，通过相关模型统计出高可信度的 SNP 和 InDel 数据，这些数据可作为构建遗传图谱 的来源。 重测序与进化分析