计算机辅助药物设计论文：计算机辅助药物设计 定量构效关系 分子对接 分子设计.docVIP

【关键词】计算机辅助药物设计 定量构效关系 分子对接 分子设计 【英文关键词】Computer-aided drug design Quantitative Structure-Activity Relationships Docking Drug design 计算机辅助药物设计论文：高活性药物先导化合物的分子模拟与设计 【中文摘要】传统意义上的药物发现方法不但耗时费力,而且还具有一定的随机性和盲目性。随着计算机科学、生物化学以及其它交叉学科的不断发展,分子模拟方法使药物发现走向一个新时代。本学位论文运用分子模拟技术分别研究了两类高活性药物先导化合物分子(aggrecanase-2抑制剂分子和抗HBV药物分子)与蛋白的相互作用,并根据所得结论设计了活性更高的新药物先导化合物分子。此外,对卤代酚类化合物的毒性进行了分析,最终设计出毒性较小的可能的新分子。论文的第一章,简要的叙述了分子模拟方法的,介绍了二维定量构效关系(two-dimensional quantitative-structure activity relationship,2D-QSAR)、三维定量构效关系(three-dimensional quantitative-structure activity relationship,3D-QSAR)和分子对接(molecular docking)方法,最后对本论文的几个主要工作进行了简要的概括。论文的第二章,运用三维定量构效关系方法和分子对接方法对骨关节炎抑制剂进行了分析。骨关节炎是一类高发疾病,由于其难以治愈而给患者带来长久的病痛。本工作针对此类疾病的潜在药物靶标aggrecanase-2,对其抑制剂分子的活性进行了研究。运用三维定量构效关系方法建立了抑制剂分子结构与活性之间的关系模型,分析得出了影响抑制剂分子活性的主要结构因素,并运用分子对接方法进行论证。最后根据所得到的结论设计出了活性更高的药物先导化合物分子。论文的第三章,针对威胁人类生命健康的乙肝病毒,选取了以核衣壳蛋白为靶点的几类抗乙肝病毒药物分子,运用分子对接工具对其与乙肝病毒蛋白的相互作用模式进行了分析,得到几类分子与HBV病毒蛋白的具体作用方式,并提出了“橄榄球”模型。而后利用三维定量构效关系方法对其中一类药物的活性与结构关系进行了分析,最终得出影响其活性的主要结构因素,并与分子对接结果相互印证。论文的第四章,结合二维定量构效关系和三维定量构效关系方法研究并分析了卤代酚类化合物的毒性。卤代酚类化合物是对环境污染较为严重的一类化合物,不但难于降解,而且严重的威胁人类的身体健康。本工作建立了酚类化合物毒性与结构之间的关系模型,从模型中分析讨论得出影响其毒性的重要因素,并根据这些因素设计出低毒性的卤代酚类化合物。 【英文摘要】Traditional drug discovery is not only time-consuming but also randomness and blindness. With the continuous development of computer science, biochemistry and other interdisciplinary, molecular simulation gradually replaces the traditional drug discovery, and drug discovery has gone into a new era. In this dissertation, the techniques of molecular simulation were used to analyze the therapeutic mechanisms about two types of high activity drug lead compounds (aggrecanase-2and anti-HBV inhibitors), respectively. And then several new drug lead compounds with higher activity were designed. Additionally, the toxicity of halogenated phenolic compounds was researched and new compounds with low-toxicity were designed.The first chapter briefly described the background of molecular simulation, and the methods