生物信息学论文：日本血吸虫假结结构的生物信息学预测分析以及鉴定.docVIP

生物信息学论文：日本血吸虫假结结构的生物信息学预测分析以及鉴定 【中文摘要】RNA是一类重要的生物大分子,在生物体生长发育的各个阶段均发挥重要功能。RNA的功能主要由其结构来决定,其结构类型主要包括茎环结构、发夹结构和假结结构等。假结结构(pseudoknot)作为一类非常稳定的RNA结构,具有14种假想的结构类型,其形成在很大程度上影响了RNA分子的稳定性。研究假结结构为了解单链RNA如何自我折叠以及如何在生物活动中发挥作用提供了重要途径。假结结构的生物学作用包括：形成不同核酶的催化核心,自我剪切内含子,以及端粒酶和选择性基因表达等。在假结结构的众多功能中,研究最多的重要功能是选择性基因表达,即mRNA上存在的假结结构可以刺激核糖体引起阅读框移码,在形成假结结构的mRNA上游特定区域,核糖体的移动会被阻碍,从而使阅读框发生变化,最终产生一个新的融合蛋白。本文从众多的RNA二级结构预测软件中经过测试,挑选出了三种能稳定并可靠预测RNA假结结构的软件(GeneBee、dotknot、pknotsRG),利用这三种软件,采取perl语言编写网上批量提交程序进行预测,并与pknotsRG软件本地化预测相结合,从日本血吸虫的8452条基因编码序列中预测出了151条可能含有假结结构的序列。随后依据最小自由能挑选具有稳定假结结构的序列,并使用生物信息学软件Fsfinder预测这些序列上的核糖体移码位点,从中筛选出91条可能同时含有稳定RNA假结结构以及核糖体移码位点的序列。在此基础上,通过对这91条序列进行开放阅读框(ORF)分析,判断预测的含有RNA假结结构在mRNA序列上是否位于核糖体移码位点的下游4-11个碱基区域内,以及核糖体移码位点是否位于启动子下游,从而筛选出26条日本血吸虫基因编码序列可能含有促使核糖体移码的假结结构。对预测可能含有促移码假结结构的26条日本血吸虫基因序列,利用已有的日本血吸虫蛋白质组数据库中的肽段数据进行比对,寻找到7条表达基因的肽段信息,其中有发现1条是核糖体移码之后产生的肽段,从而为验证本研究假结结构预测的生物信息学方法及结果提供了重要的依据。最后,本研究还尝试利用原核大肠杆菌系统,克隆表达了3个预测出的含有RNA假结结构的日本血吸虫基因序列,并使用免疫印迹方法来进行体外分析验证。目前,虽然在体外验证中还没有最后获得所挑选日本血吸虫基因蛋白体外移码表达可靠证据,但本研究探索了真核生物假结结构的体外实验验证方法,并提供了有益的资料。 【英文摘要】RNA is a kind of very important biomacromolecule that plays huge roles in the organisms. The function of RNA is not decided by the sequence but of the structure. The types of RNA structure include hairpin, loop, pseudoknot, and so on. Pseudoknot is a kind of stable RNA molecular as well as represent a kind of second level structure of RNA. The types of pseudoknot contain 14 different kinds. The research of RNA structure has became a important research field of computational biology.Based on the different structure, RNA shows different functions, so that they play a variety of diverse roles in biological processes. These roles include forming the catalytic core of various ribozymes, self-splicing introns, and telomerase. Additionally, pseudoknots play critical roles in altering gene expression by inducing ribosomal frameshifting in many viruses.The most common function of pseudoknot is to stimulate ribosomal frameshifting. The pseudokn