NetWork软件的使用.docVIP

NetWork软件的使用 引言 通过NetWork软件包可以构建中介网络图(median network),这种网络图可包含所有最简约的树,而且可显示序列的信息(如同质性位点的位置、突变热点以及分辨单倍型类群等),在聚类簇中节点之间的距离越近，它们的单倍型就越相近。对于大样本，通过识别平行进化，可以减少网络图的复杂性。而且通过NetWork软件包，可以考察mtDNA控制区序列核苷酸替换的模式,对于每一位点赋予γ形参数α值(gamma shape parameterα,突变速率变化系数的倒数)校正,可以较好地解决序列中各位点速率不同的问题。 NetWork软件包所采用的运算程序主要有：MJ（Median-Joining network）法和RM（Reduced Median network）法。它根据各个人群在中介网络树的分组情况及其在各组中的分布频率，将这些人群的关系在一个二维图形上表示出来。在中介网络树上，可以让整个骨架以指定的序列为中心呈星型分布。根据这些星型的簇支，可以将所有序列分成若干组，从而明确其遗传、进化距离和系统发育关系等。 NetWork软件包的最新版本为：NETW4109，其下载网址为：。软件作者为剑桥大学的Dr. Peter Forster。 NetWork软件的操作 输入数据及其格式 NetWork所能接受的数据：非重组DNA单倍型数据，RNA或氨基酸序列。 Multistate data:氨基酸序列，包括两种状态以上的DNA序列。此类数据仅能被MJ（Median-Joining）网络法计算。对于此类型的数据，DNA数据的文件格式应该为*.rdf，氨基酸数据的文件格式应该为*.ami。把此类数据转化为二进制数据也是个不错的选择。例如，在处理DNA序列时可以把转换和颠换转化为二进制数据进行计算。 Binary data：二元数据，一般为STRs、RFLP、近缘的DNA序列（如种内），此类数据的文件格式应为*.tor，如果是几种数据的混合，则文件扩展名应该为*.ych。DNA的二进制数据的文件扩展名也可以是*.rdf。 如果序列为FASTA格式，则可以通过DNA Alignment软件去转换。Network软件可以接受以*.rdf，*.ych，*.ami，*.tor为扩展名的文件，此类文件可以用windows中的“记事本”去编辑。在这些文件中，每个样本的名字的字符长度不能超过6个，每个样本序列长度（突变位点的总数目）不能超过，对于Y-STR数据，不能超过100个位点。如果某个样本的格式错误会导致Network程序运行出错误的结果，而不给任何提示。 注意：在数据文件的末尾不能有空行。 点击NetWork主操作界面中的“Data Entry”按钮，会弹出一个包括5个选项的下拉菜单，如下图（Fig1.1）所示： Fig 1.1 点击“Data Entry”按钮下拉菜单中的“Manual”选项，可以制作一个Network软件输入数据格式的文件，会弹出如下图（Fig1.2）所示的操作对话框（此项操作的快捷键为“Ctrl+I”）： Fig 1.2 通过此对话框可以选择产生哪类型的数据，程序提供了一下7种选择：DNA Nucleotide data（DNA核酸数据）、Binary data（二进位数据）、Amino acid data（氨基酸数据）、Endonuclease（RFLP）data（限制性长度片段数据）、Y-STR data（Y染色体STR数据）、Autosomal-STR data（常染色体STR数据）、Mixed data（DNA/STR/RFLP）（混合数据，包括DNA、STR、RFLP数据）。 选择所要创建的数据类型（本章以DNA核酸数据为例），点击“Continue”按钮即可，会弹出如下图（Fig1.3）所示的操作界面： Fig 1.3 从上述操作界面，可以设定序列的条数，突变位点的个数等信息，以及默认的权重登，这些信息在后边的操作中还可以更改。点击“Creat”按钮，会弹出如下图（Fig1.4）所示的操作界面 Fig 1.4 通过上述操作界面来设置每一列的核苷酸种类，如A、T、C、G、R（代表A或G）、Y（代表C或T）、N（代表A、T、C、G任何一个）、D（代表A、G、T）、W（代表A或T）、S（代表G或C）、M（代表A或C）、H（代表A、C或T）、V（代表A、G或C）、B（代表G、C或T）、-（代表缺失）。系统默认的是A。点击“Next”按钮可以设置下一列的核苷酸种类，点击“Previous”按钮可以设置上一列的核苷酸种类。点击“Continue”按钮，会弹出如下图（Fig1.5）所示的操作界面： Fig 1.5 如上图所示操作界面，可以通过“Character”栏修改位点的名字