蛋白质的结构学习课程.pptVIP

7.就?-折叠片的平面而论，侧链R基团指向什么方向？为什么一种稳定的?-折叠需要侧链R基团小的氨基酸？ 8. 原胶原分子的三条多肽链约1/3的氨基酸是Gly，25%的氨基酸是Pro和HyPro，（1）每条多肽链都有（ Gly - Pro -X）n的重复结构，为什么原胶原能形成三股螺旋结构，而多聚Pro则不能？（2）已知Pro、 HyPro和Gly都是α-螺旋的破坏者，但为什么每条多肽链都能形成螺旋构象？ 9.是Trp还是Glu更有可能出现在蛋白质分子表面？ 是Ser还是Val更有可能出现在蛋白质分子的内部？ 是Leu还是Ile更少可能出现在α-螺旋的中间？ 是Cys还是Ser更有可能出现在?-折叠片中？ 三級构造中的氢键 二級构造氢键 三級构造氢键 a helix b sheet Garrett Grisham (1999) Biochemistry (2e) p.181 胰臟 trypsin inhibitor 三級构造中的離子键 可与金属離子形成離子键： Cys, His, Glu, Asp 金属離子對蛋白质的貢獻 (1) 穩定蛋白质构造 (2) 參与該蛋白质的功能 Stryer (1995) Biochemistry (4e) p.1000 三級构造中的疏水性作用力 疏水性氨基酸基团 以水溶性蛋白质而言 (脂溶性蛋白质恰相反) Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.135 親水性基团 三級构造中的二硫键 Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.152 C CH2 SH SH CH2 C C CH2 SH SH CH2 C C CH2 S S CH2 C C CH2 S S CH2 C 分子內 Intrachain Disulfide bond 分子間 Interchain Disulfide bond Oxidation Reduction 重复单位 思考与练习 1.羊毛衫等羊毛制品在热水中洗后在电干燥器内干燥，则收缩。但丝制品进行同样处理，却不收缩。如何解释这两种现象？ 2.合成的多肽多聚谷氨酸（（Glu）n ），当处在pH3.0以下时，在水溶液中形成α螺旋，而在pH5.0以上时却为伸展的形态。 （a）试解释该现象。 （b）在哪种PH条件下多聚赖氨酸（Lys）会形成α-螺旋？ 3.一个α-螺旋片段含有180个氨基酸残基，该片段中有多少圈螺旋？计算该α-螺旋片段的轴长。 4.一个寡聚蛋白（MW＝72000）是由相同亚基组成的，该蛋白可以完全解离并与2,4-二硝基氟苯反应。由100mg该蛋白可以获得5.56μM的DNP-Gly，该蛋白含有几个亚基？ 5.从某植物中分离得到一种辅氨酸羟化酶的抑制剂， （a）试解释为什么将此物质喂食给大鼠，会导致其血管变脆，皮肤受损，牙龈出血； （b）人类患维生素C缺乏症时出现与（a）中类似的症状，试解释其相似性。 6.下列氨基酸残基——Met,His,Arg,Phe,Val,Glu,Lys——哪个可存在与（a）蛋白质的表面，及哪个存在与（b）蛋白质的内部？ * 第 4.5.6 章 蛋白质的三维结构 1. 在肽 (蛋白质) 结构方面的早期研究 1.1 特殊性：比单独的C- N 要短 。 1.1.1 通过X光衍射研究氨基酸和二肽以及三肽，揭示了肽键的结构。 1.1.2 O=C-N-H约 1.32 ?， C- N 是1.49 ?;C= N 是1.27 ?（因此O=C-N-H部分结构具有双键特性， 是刚性结构，不能够自由地旋转） 1.1.3 部分双键特征是由于酰胺氮和羰基氧之间电子共价的结果。 1.1.4与肽键相连接的4个原子位于同一个平面 。 1.2 X光研究一角蛋白(头发和羊毛) 显示了一个 5.4 ? 的重复单位 ( Astury 在 1930 年代中). N C C ? ? H N C ● 多肽键 虽是单键卻有双键性质 O ● 多肽键 周边六個原子在同一平面上 ● 前後兩個氨基酸的 ?-carbon 在對角 (trans) C 多肽键 的特性 sp2 sp2 Juang RH (2004) BCbasics p 軌道電子共振使 多肽键 具双键特性 H C C N C O Juang RH (2004) BCbasics 兩 多肽键 平面的交接點为 a-碳 以多肽键平面連接成多肽長鏈 注意 a-碳上面接有各種大小不等的基团 Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.136 兩個肽平面之間不能任意转动 Garrett