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PhyML利用氨基酸序列建树步骤（核酸建树也可以作为参考）吴碧波前言：本文阅读对象适合建树新手，生物信息学高手请勿嘲笑，其中有什么错误还恳请指点。为什么要建树及其你要解决什么问题这里不做讨论，只是一个纯粹的建树过程，前期的序列收集过程自己费心，根据自己的需要来做。这里主要是最大似然法来建树，NJ法像mega这些软件中都有集成，最新的mega7也集成ML法，不过模型及各种参数不一定适合你，所以学习多种多种方法也是有用的，PhyML速度较慢，如果数列数量较多、步长检验次数多，等待时间会很长，有可能达到几十小时，也与电脑配置有关，一般时间都是以小时计数，所以要有心理准备，如果数据量大，推荐用RaxML或其他方法建树，它处理速度要比PhyML快，不过RaxML是纯命令操作，对不熟悉命令及参数意义的人有一定难度，我只在linux下操作过，在win下没有使用过。本文是用氨基酸建树过程，如果你是用核酸序列建树，也可以参考这个过程，核酸替代模型请用jmodeltest或其他同功软件计算。由于PhyML计算过程比较长，做一遍比较耗时，推荐你用其他软件用NJ法先行试验建树，看看你选择的序列是否有效及符合你的预期结果，调整好序列后再用PhyML跑一遍看结果是否符合自己的要求。PhyML有线上版本，http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/http://www.atgc-m