ABEEMσπ和OPLS-AA力场对蛋白质GA88／GB88的分子动力学模拟研究.pdfVIP

Vo1．34 高 等 学校 化 学 学报 No．1 2013年 1月 CHEMICALJOURNALOFCHINESEUNIVERSITIES 142～148 doi：10．7503／cjc ABEEM 和 OPLS—AA力场对蛋 白质 GA88／GB88的分子动力学模拟 王晶晶，刘 翠，杨忠志 (辽宁师范大学化学化工学院，大连 116029) 摘要 将原子与键电负性均衡方法融人分子力学方法 ，即利用ABEEM 仃浮动电荷力场与ABEEM-7P水模 型相结合的方法及OPLSAA固定电荷力场方法，对 G88和G。88蛋白进行了水溶液(温度295K)和真空中 的分子动力学模拟．比较两种方法得到的两个蛋 白质的结构与实验结构的均方根偏差，分析了两种方法得 到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布 、径向分布及电荷分