动态规画技巧及其在序列分析的应用-台大资讯系三十周年系庆.ppt

動態規畫技巧簡介(Dynamic Programming) 趙坤茂 陽明大學生命科學系 Email: kmchao@.tw WWW: .tw/~kmchao 聰明的教授 有四個人一起搭一班往花蓮的飛機, 分別是總理,教授,神父和一個小學生, 加上駕駛共五人, 很不巧的, 在飛到機場上空時飛機竟然故障要墜毀了, 但機上卻只有四套降落傘. 首先飛行員很沒道義的搶了一具就跳了下去, 接著總理說, 我是最有權力的人所以我不能死,也抱了一具跳下去, 然後教授說,我是最聰明的人,必須留著我的有用之軀,因此也搶了一套降落傘就跳, 這時只剩一套降落傘啦怎麼辦呢? 神父便對小學生說:我離天堂比較近,你就逃生去吧,不用管我了! 小學生說: 不用呀,我們還有兩套降落傘喔! 聰明的教授(續) 因為剛才那個最聰明的人, 背著我的書包跳下去了... The Heaviest Non-decreasing Subsequence Problem Let S be a sequence of integers. A heaviest non-decreasing subsequence of S is a non-decreasing subsequence with the maximum sum. (這是2000年全國大專軟體設計競賽大學甲組的試題) 動態規畫技巧與序列分析 費氏數(Fibonacci number) 最長共同子序列 兩個序列的分析 多重序列分析 費氏數(Fibonacci number) How to compute 請問F10是多少？ 列表式計算 如果我們從F0、F1、…往F10邁進，很快我們就可以算出F10 好漢做事好漢當 上代數的時候，小明同學在後面..z...z...z....Ｚ。 後來，老師發現了，就生氣地說： 「旁邊的同學，把睡覺的叫起來！」 語畢， 不知道是哪個活得不耐煩的同學答道： 「是你自己把他弄睡著的，你自己去把他叫醒…」 動態規畫(dynamic programming) 基本上，動態規畫技巧有三個主要部份： 遞迴關係(recurrence relation) 列表式運算(tabular computation) 路徑迴溯(traceback) 「最長共同子序列」(LCS, Longest Common Subsequence)問題 首先我們先解釋什麼是子序列(subsequence) ，所謂子序列就是將一個序列中的一些(可能是零個)字元去掉所得到的序列，例如：pred、sdn、predent等都是 ”president” 的子序列。 給定兩序列，最長共同子序列(LCS)問題是決定一個子序列，使得 (1) 該子序列是這兩序列的子序列；(2) 它的長度是最長的。 LCS 例如： 序列一：president 序列二：providence 它的一個LCS為 LCS 例如： 序列一：president 序列二：providence 它的一個LCS為 priden ( PResIDENt PRovIDENce ) LCS 又例如： 序列一：algorithm 序列二：alignment 它的一個LCS為 LCS 又例如： 序列一：algorithm 序列二：alignment 它的一個LCS為 algm or algt ( ALGorithM ALiGnMent ) How to compute LCS? 給定兩序列及，令len(i, j)表示與的LCS之長度，則下列遞迴關係可用來計算len(i, j)： 極樂世界 老師：「 小明，你的毛病就是用詞不當，現在考考你 … 。用一句成語來形容老師很開心，而且成語中要包含數字。」 小明：「 」 極樂世界 老師：「 小明，你的毛病就是用詞不當，現在考考你 … 。用一句成語來形容老師很開心，而且成語中要包含數字。」 小明：「含笑九泉」 兩個序列的分析 在1970年代，分子生物學家Needleman 及Wunsch [15]以動態程式設計技巧(dynamic programming)分析了氨基酸序列的相似程度； 有趣的是，在同一時期，計算機科學家Wagner及Fisher [22]也以極相似的方式來計算兩序列間的編輯距離(edit distance)，而這兩個重要創作當初是在互不知情下獨立完成的。 雖然分子生物學家看的是兩序列的相似程度，而計算機科學家看的是兩序列的差異，但這兩個問題已被證明是對偶