第6讲MPI并行程序设计初步2.pptVIP

发送非连续数据——构建新的数据结构 MPI_TYPE_VECTOR(count,blocklength,stride,oldtype,newtype,ierr) Count: 块的数量； blocklength: 每块的元素个数 Stride: 跨度 （各块起始元素之间的距离） Oldtype: 旧数据类型， Newtype: 新数据类型 （整数） 例：integer MY_TYPE Call MPI_TYPE_VECTOR(50,1,100,MPI_REAL,MY_TYPE,ierr) Call MPI_TYPE_Commit(MY_TYPE,ierr) A(1,1), A(2,1), ……… A(1,2), A(2,2) ……. A(1,3)…. * Copyright by Li Xinliang 通讯域的分割 MPI_Comm_Split(comm,color, key,New_Comm ) 0 2 1 4 3 5 7 6 8 9 10 11 Color 相同的进程在同一组 根据key的大小排序 例如： 12个进程， 分成 3行4列 Line=mod(myid,3); raw=myid/3 MPI_Comm_Split(MPI_Comm_World, raw, 0,Comm_Raw) MPI_Comm_Split(MPI_Comm_World,line,Comm_Line) Call MPI_Comm_rank(Comm_Raw,myid_raw,ierr) Call MPI_Comm_rank(Comm_line, myid_line,ierr) MPI_Comm_World * Copyright by Li Xinliang 实例 1. 用（拟）谱方法求解二维不可压N-S方程 2p 物理模型 周期性边界条件 按照给定能谱布置初始流动 研究流动的演化规律 * Copyright by Li Xinliang Fourier 变换 (1D) Fourier 变换 的特点： 求导数 - 乘积 困难： 非线性项 卷积 计算量巨大 在物理空间计算 Fourier 变换的快速算法FFT * Copyright by Li Xinliang 二维 Fourier 变换 两次一维 Fourier 变换 * Copyright by Li Xinliang 求解步骤： 1） 读入初值 2） 调用FFT 得到 3） 计算 调用FFT 得到 4） 计算 调用FFT 得到 5） 计算 6） 积分 求出下一时间步的值 7） 调用 FFT 得到 8） 循环 3）-7） 直到给定的时间 * Copyright by Li Xinliang 实际计算中，要采用抑制混淆误差的措施 程序的并行化： 二维 FFT 二维FFT: 调用两次一维FFT 一维 FFT 算法复杂，并行化难度大 二维 FFT 的并行： 重新分布 Subroutine FFT2d(nx,ny,u) integer nx,ny Complex u(nx,ny),Fu(nx,ny), u1(ny),u2(nx),… do i=1,nx u1(:)= u(i,:) call FFT1d(ny,u1) Fu(i,:)=u1(:) enddo do j=1,ny u2(:)=Fu(:,j) call FFT1d(nx,u1) u(:,j)=u1(:) enddo end * Copyright by Li Xinliang 数据重分布的实现 A1(M/P,N) A2 (M,N/P) 1 2 3 4 a b c d 对等式编程思想—— “我”需要完成的工作 1) 将数据 A1(M/P,N) 切割成P块 ，存入数组B1(M/P, N/P,P) 2) 将数据 B1(:,:,k) 发到 进程 k (k=0,1….P-1) 3) 从进程k 接收 B2(:,:,k) 4) 组合 B2(:,:,k) 成 A2 * Copyright by Li Xinl