CpG 岛预测方法的比较研究.docVIP

精品论文 参考文献 CpG 岛预测方法的比较研究 陈崛飞1，2 谢小薰2（通讯作者）1.广西医科大学研究生学院 南宁 530021；2.广西医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室 南宁 530021 　　【摘 要】目前认为CpG 岛甲基化导致转录抑制是恶性肿瘤发生的重要机制之一，因此研究基因 Cp G 岛甲基化已成为目前肿瘤研究的热点之一，开展研究的前提是CpG 岛的预测。本研究选择3 个最常用的CpG 岛在线预测软件，预测目的基因ACRBP 启动子CpG 岛，结果发现methprimer 和cpgislands 两个CpG 岛在线预测软件具有较大优势。 　　【关键词】CpG 岛；预测软件；甲基化 　　【中图分类号】R31【文献标识码】A【文章编号】1276-7808（2014）03-090-01DNA 　　甲基化是从DNA 水平调控基因表达的一种重要表观遗传学机制，机体正常的甲基化在胚胎发育、X 染色体失活、基因印记等方面起到重要的作用，但异常的甲基化与肿瘤的发生发展关系密切[1，2]。 　　许多研究显示基因组整体甲基化水平的降低和CpG 岛局部甲基化水平的异常升高可导致基因组的不稳定，转座子成分的活化、原癌基因的表达和抑癌基因的失活，从而导致肿瘤的发生[3]。 　　由于CpG 岛区域较小，研究起来更为方便，因此，更多的研究热点集中在CpG 岛甲基化状态的研究上。而研究CpG 岛甲基化的前提条件是确认最合适的CpG 岛区域。根据 Gardiner-Garden 等[4]的定义，CpG 岛是一段长度不小于200bp、GC 含量不小于50%、CpG 含量与期望含量之比不小于0.6 的区域。之后，Takai 等[5]又对CpG 岛的标准做了修正，确认CpG 岛定义为GC 含量达到55％、CpG 二核苷酸的出现率达到0．65 且长度至少为500bp 且更趋近于分布在基因的5rsquo;端区域的DNA 序列。随着CpG 岛甲基化研究的深入，多种预测CpG 岛的在线软件也相继出现，这些软件具有不同的检索策略，预测的CpG 岛也不尽相同。本研究旨在通过比较多种CpG 岛预测软件的优劣，选择最佳的CpG 岛预测软件，以便CpG 岛的后续研究。 　　1 材料和方法1.1 材料：NCBI 数据库（http：//www．ncbi．nlm．nih．gov/）查询目的基因顶体素结合蛋白（acrosin binding protein，ACRBP）；UCSC（http：//genome．/）数据库中查询出该基因上游5kb 的碱基序列作为进行预测的数据； 3 种CpG 岛在线预测软件http ：///cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi （ 以下简称methprimer），http：//www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot（以下简称Cpgplot），及http：//.tw/（以下简称dbcat）对这些数据进行预测。 　　1.2 方法：判定CpG 岛的3 个标准为：CpG 岛GC 含量、CpG出现率（CpG 二核苷酸的观察值/CpG 二核苷酸的预期值），具体步骤如下：①在NCBI 数据库和UCSC 中得到ACRBP 的上游的碱基序列。 　　②3 种CpG 岛在线预测软件设置检索标准：%GC（GC 含量）＞55％；ObsCpG/ExpCpG（观察值/预期值）＞0.65；length（长度）＞200bp；Gap between adjacent islands（相邻岛之间的差距）＞100bp。 　　2 结 果2.1 预测结果：3 种CpG 岛预测结果如下表1 所示。3 个预测软件中，methprimer 和cpgislands 预测了在位置上存在重叠的CpG 岛，而dbcat 未能预测出CpG 岛。methprimer 和cpgislands 预测的CpG 岛长度存在较大差异，而GC 含量及观察值/预期值差异不大。 　　2.2 预测结果判定：3 个软件中，cpgislands 预测的CpG 岛长度适中，便于后续研究，且各种指标（GC 含量、观察值/预期值）均较高，适合于预测CpG 岛；methprimer 预测的CpG 岛长度偏长，对于后续研究较为不便，但methprimer 软件不仅可预测到CpG 岛位置，还可设计BSP 及MSP 引物。Dbcat 由于其软件设置的条件较为局限，故未预测到CpG 岛。 　　表1 3 种CpG 岛预测软件结果比较Program Start End Length GC Content（％） ObsCpG/ExpCpGmethprimer 138 588 451 gt;50 gt;0.6cpgislands 330 606 277 gt;55 gt;0.6dbcat3 讨 论C