高级生化_蛋白质的基本知识.pptVIP

CD signal of a protein depends on its 2ndary structure —— chymotrypsin (all b) —— lysozyme (a + b) —— triosephosphate isomerase(a/b) —— myoglobin (all a) 估算蛋白质?螺旋含量 仅适合?含量较高的蛋白质！ （二）X 射线衍射法 首先将蛋白质制成晶体。但是由于糖蛋白质分子中糖基化位点和某些位点的糖链结构存在不均一性，则很难获得糖蛋白晶体。 X射线射到蛋白质晶体上，可产生不同方向的衍射。X光片则接受衍射光束，形成衍射图。这种衍射图也即X射线穿过晶体的一系列平行剖面所表示的电子密度图。然后借助计算机绘制出三维空间的电子密度图。 （三）核磁共振波谱技术（nuclear magnetic resonance,NMR） 核磁共振技术可以直接研究溶液和活细胞中相对分子质量较小(20，000 道尔顿以下)的蛋白质、核酸以及其它分子的结构， 这更接近于蛋白质在生物细胞中的自然状态。 此外，通过改变溶液的性质，还可以模拟出生物细胞内的各种生理条件，即蛋白质分子所处的各种环境，以观察这些周围环境的变化对蛋白质分子空间结构的影响。，因此,NMR方法为蛋白质与蛋白质、蛋白质与底物或小分子的相互作用提供了一个有效的观察手段。 三 蛋白质空间结构预测 原因：自然的蛋白质结构和未折叠的蛋白质结构，两者之间的能量差非常小 ； 蛋白质可能的构象空间庞大，针对蛋白质折叠的计算量非常大； 计算模型中力场参数的不准确性也是一个问题。 (一)理论分析方法:该方法假设折叠后的蛋白质取能量最低的构象。根据物理化学的基本原理，从理论上(如分子力学、分子动力学）计算蛋白质分子的空间结构。但是在实际中，这种方法往往不合适 （二）统计方法：通过对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而根据映射模型对未知结构的蛋白质直接从氨基酸序列预测结构。映射模型可以是定性的，也可以是定量的。这是进行蛋白质结构预测较为成功的一类方法。 经验性方法 结构规律提取方法 同源模型化方法 统计方法 根据一定序列形成一定结构的倾向进行结构预测。 例如，根据不同氨基酸形成特定二级结构的倾向进行结构预测。通过对已知结构的蛋白质（如蛋白质结构数据库PDB、蛋白质二级结构数据库DSSP中的蛋白质）进行统计分析，可以发现各种氨基酸形成不同二级结构的倾向，从而形成一系列关于二级结构预测的规则。 经验性方法 从蛋白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则，指导建立未知结构的蛋白质的模型。有许多提取结构规律的方法，如通过视觉观察的方法，基于统计分析和序列多重比对的方法，利用人工神经网络提取规律的方法。 结构规律提取方法： 一般方法 通过同源序列分析或者模式匹配预测蛋白质的空间结构或者结构单元（如锌指结构、螺旋-转角-螺旋结构、DNA结合区域等）。 同源模型方法：最可靠的方法 每一个自然蛋白质具有一个特定的结构，但许多不同的序列会采用同一个基本的折叠，也就是说，具有相似序列的蛋白质倾向于折叠成相似的空间结构。一对自然进化的蛋白质，如果它们的序列具有25?30%的等同部分或者更多，则可以假设这两个蛋白质折叠成相似的空间结构。如果一个未知结构的蛋白质与一个已知结构的蛋白质具有足够的序列相似性，那么可以根据相似性原理给未知结构的蛋白质构造一个近似的三维模型 。 * * * （三）根据蛋白质的溶解度 差异分离 盐析法 原理：是将硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等加入蛋白质溶液，使蛋白质表面电荷被中和以及水化膜被破坏，导致蛋白质在水溶液中的稳定性因素被去除沉淀。 优点：沉淀的蛋白质保持着它的天然构象，能再 溶解。 有机溶剂分级分离法 原理：是将有机溶剂（丙酮、乙醇)加入蛋白质溶液中，导致溶液介电常数降低，增加了相反电荷之间的吸引力，蛋白质分子表面可解离基的离子化强度减弱，水化程度降低，因此促进了蛋白质分子的聚集和沉淀。 注意事项：使用丙酮沉淀时，必须在0～4℃下进行。蛋白质被丙酮沉淀后，应立即分离，防止变性。 （四）根据蛋白质的荷电差异分离 电泳（electrophoresis) 定义：蛋白质在高于或低于其pI的溶液中为带电的颗粒，在电场中能向正极或负极移动。这种通过蛋白质在电场中泳动而达到分离各种蛋白质的技术，称为电泳。 根据支撑物的不同，可分为薄膜电泳、凝胶电泳等。 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳：常用于蛋白质分子量的测定。 等