OP-Synthetic： identification of optimal genetic manipulations for the overproduction of native and non-native metabolites.pdfVIP

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2017-12-29 发布于广东
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OP-Synthetic： identification of optimal genetic manipulations for the overproduction of native and non-native metabolites.pdf

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QuantitativeBiology2014，2(3)：1OO109 DOl1O．1007／s40484—014—0033-7 RESEARCHARTICLE OP·S·ynthetic：identificationofoptimalgenetic manipulationsfortheoverproductionofnative andnon．．nativemetabolites HongleiLiu，YandaLiandXiaowoWang MOE KeyLaboratory ofBioinformatics．BioinformaticsDivision and CenterforSynthetic and Systems Biology，TNLlST／ DepartmentofAutomation，TsinghuaUniversity，Beijing100084，China COrresDOndence：xwwang@tsinghua．edu．cn ReceivedSeptember12，2014：RevisedOctober13，2014；AcceptedOctober14，2014 Constraint．based flux anaIvsishasbeen widely used in metabolic engineering t0 predictgenetic optimization strategies．Thesemethodsseektofindgeneticmanipulati0nsthatmaximallycouplethedesiredm etaboliteswith the cellulargrowthobjective．Howeve~suchframeworkdoesnotworkwellfor0verpr0ducingchemicalsthatarenot closelycorrelatedwithbiomass，ofrexamplenon-nativebiochemicalproductionbyintroducingsyntheticpathways into heterologoushostcells．Here，wepresentacomputationalmethod called OP-Synthetic，which can identify effectivemanipulations(upregulation，downregulationanddeletionofreactions)andproduceastep-by—step optimizationstrategyofrthe0verpr0ducti0nofindigenousandnon-nativechemicals．W ecomparedoP—Synthetic with severalstate．of-the．artcomputationalapproaches on the problem sofsuccinate Overpr0ducti0n and N- ace~．1neuraminicacidsyntheticpathwayoptimizationinEscherichiacoli．OP一Syntheticshoweditsadvantageofr efficiently handling multiple steps optimizadon problems on genome wide metabolic networks．And more importantly,theoptimizationstrategiespredictedbyOP-Synthetichaveabettermatchwithexistingengineered strains．especiallyofrtheengineeringofsyntheticmetabolicpathwaysofrnon-nativechemicalproduction．0P— Syntheticisrfeelyavailableat：http：／／bioinof．an．tsinghua．edu．cn／member／xwwang／OPSynthetic／． Keywords：metabolicnetwork；fluxanalysis；optimization INTRoDUCTIoN