第三章 微生物生态学基本研究方法 课件.pptx

第三章：微生物生态学的基本研究方法参考书陈声明，林海萍，张立钦主编，微生物生态学导论，高等教育出版社，2007池振明主编，2005，现代微生物生态学，科学出版社杨家新主编，2004，微生物生态学，化学工业出版社宋福强主编，2008，化学工业出版社张素琴著：2005， 科学出版社Molecular Microbial Ecology, A. Mark Osborn Cindy J. Smith, Taylor Francis Group, 2005专业期刊Microbial EcologyApplied and environmental microbiologyAdvances in microbial ecologyISME JournalApplied Microbiology and BiotechnologyFEMS Microbiology EcologyFrontiers in MicrobiologyGeomicrobiology Journal Nature Microbiology Review微生物生态学？研究微生物与其周围生物和非生物环境之间相互关系的一门学科关注的内容：主要研究微生物的分布、种群组成、数量和活力等与环境的关系，以及微生物之间、微生物与高等有机体之间的相互关系。你们能够想到什么方法开展微生物生态学的研究？1、经典技术和方法 直接观察测定 培养研究2、生理生化方法3、分子生物学方法4、稳定同位素方法1、经典技术和方法——直接观察测定利用显微镜对样品中的微生物直接观察计算数目，测定丝状微生物长度（普通染色、荧光染色）优点：直接观察天然样品中微生物的形态和微生物所处的位置缺点：样品量少，代表性差HeLa cells showing negative staining by ICC/IF using only secondary antibody. The cells were 100% methanol fixed (5 min) and then incubated in 1%BSA / 10% normal goat serum / 0.3M glycine in 0.1% PBS-Tween for 1h to permeabilise the cells and block non-specific protein-protein interactions. The secondary antibody (red) was ab150091 Alexa Fluor? 647 goat anti-rabbit IgG (Fc) used at 2μg/ml for 1h. DAPI was used to stain the cell nuclei (blue) at a concentration of 1.43μM.Hep G2 Cells Stained Using the ///order/catalog/product/R37601LIVE/DEAD? Cell Imaging Kit, showing green-fluorescent live cells and red-fluorescent dead?cells.Archaea in the picture in red, sulfate reducing Bacteria in green. Credit: Annelie Pernthaler/UFZ FISH技术1、经典技术和方法——培养研究对采集的样品进行稀释、培养辨认培养物的种类（1）基内菌丝与培养基结合紧密，不易挑起；（2）菌落边缘有辐射的菌丝，称为辐射状菌丝；（3）生长后期表面形成紧密的绒毛状或坚实、干燥、不透明、多皱的表面，上面常有一层色彩鲜艳的干粉；（4）可形成絮状或颗粒状的典型菌落，菌落的正反面颜色往往不一致，菌落边缘培养基的平面有变形现象；（5）有特殊气味（土霉气味）等。细菌菌落1、经典技术和方法——培养研究优点：能对活的微生物进行计数，并能区分真菌、放线菌和细菌缺点：可培养率很低1%; 单菌落是否由一个细菌繁殖而来；丝状微生物菌落究竟是由孢子而来还是由菌丝而来难以区分经典的观察和培养方法能够在一定程度上告诉我们样品中微生物的数量、可培养微生物的数量及类型。但这些结果不能告诉我们微生物在样品中能干什么？2、生理生化方法包括用于微生物生物量测定的氯仿熏蒸方法、底物诱导呼吸法和光合微生物色素法等；用于测定土壤C矿化速率和微生物呼吸强度等方法；用于测定土壤中物质转化的生物活性和酶活性的分析方法；测定微生物能量代谢的分析方法等ATP检测仪代谢活力研究：放射性/稳定同位素标记记某种代谢物，测定代谢活力C14， C13， H3， N15酶活性测定ATP含