6种鱼mtDNAD-loop及其邻近区段的序列比较分析.pdfVIP

第28卷第2期 大 连 海 洋 大 学 学 报 V01．28N0．2 2013年4月 JOURNALOFDAUANOCEAN UNIVERSITY Apr．20 13 文章编号：2095-1388(2013)02-0160—06 6种鱼 mtDNAD-loop及其邻近区段 的序列比较分析 郝君，杨蔷，鲍迪，梁爱军，张兴华，董仕 (天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室，天津3oo387) 摘要：采用PCR技术对乌克兰鳞鲤@pr／nuscarpio、鲫Carassisauratus、鲢Hypophthalmichthysmolitrix、鳙 Aristichthysnobilis、草鱼Ctenopharyngodonidellus和乌苏里拟鳞Pseudobagrusussuriensis共28个个体 (分属于 天津市动植物抗性重点实验室应用PCR—RFLP方法已检测出的不同单倍型)的mtDNAD—loop及其邻近区 段进行扩增并测序，获得了大小为 1500—1800bp的扩增产物。用 Clustal1．83软件与GenBank中的鲤、 金鱼、鲢、草鱼、长吻能5种鱼的mtDNA全序列进行排序 比较，确定扩增产物包含完整的tRNAr~、D— loop、tRNArs~序列以及 12SrRNA长度约为400bp的部分序列。将6种鱼共28个样本的序列提交 GenBank 后获得序列号为KC292921～KC292948。运用 Mega4．0软件计算出6种鱼的碱基组成和碱基差异，基于 Kimura双参数模型计算种间的遗传距离，并与GenBank中5种鱼的mtDNA序列一起构建NJ系统树。序列 结构分析表明，在6种鱼序列的4个区段中，D—loop区段在种内、种间的差异性均高于另外 3个区段。6 种鱼NJ系统树的结果与传统分类方法一致，可为鱼类分类以及种类鉴定提供科学依据。另外，6种鱼各种 单倍型均在所测得序列中找到相应的酶切位点，印证了RFLP实验结果，在酶切位点以外也发现了同种鱼 的不同单倍型问存在碱基差异。 关键词：乌克兰鳞鲤；鲫；鲢；鳙；草鱼；乌苏里拟鳞；D—loop；NJ系统树 中图分类号：$965．113；Q953 文献标志码：A 鱼类线粒体 DNA (MitochondrialDNA，mtD． 究LlI。 NA)是一种环状共价闭合的双链超螺旋分子，为 鲤 Cyprinuscarpio与鲫 Carassisauratus是中国 核外遗传物质。具有严格的母系遗传、结构简单、 最重要的淡水养殖鱼类，在世界范围内广泛养殖， 分子量小、无组织特异性和进化速率快等特点，被 历史悠久，并形成许多亚种和品系，鲤品种之一的 广泛应用于物种起源、遗传分化、种内种间系统发 乌克兰鳞鲤的养殖已产生了巨大的经济效益 ； 生关系及原种鉴定等方面¨J。 鲢Hypophthalmichthysmolitrix、鳙Aristichthysnobilis D—loop区是mtDNA上最重要的非编码区，受 和草鱼 Ctenopharyngodonidellus是中国特产鱼类， 进化压力小，变异程度高，进化速率是mtDNA其 与青鱼 Mylopharyngodonpiceus一起被誉 为中国 他区段的2～5倍。D—loop区位于 tRNAr~和 tR— “四大家鱼”，是世界水产养殖业发展的重要养殖 NA 之间，包含与 DNA复制和转录相关的序列， 种类 ；乌苏里拟鳞Pseudobagrusussuriensis主 是分析相近物种种间和种内遗传多样性的有效分子 要分布于中国黑龙江水系，其营养丰富，肉质鲜 遗传 标 记，也 是 近 年 来