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生物序列的索引研究及其应用
Research
and ofindexon
applicationbiologicalsequences
邱伯仁
导 师
d4拳叠；{f§j，，§‘l-9·f，●-薏_薯菩P
朱扬勇 教授
指导小组成员
施伯乐教授
顾 宁 教授
汪 卫 教授
张 亮 教授
目录。
摘要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．……．．…………．．．．．．．．．．．……．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．…………．．…．．．………．．I
ABSTRACT．．。．。。。．…．…．。．．．．。。。。…………．。．……………．．．…．．。．…………。．．……．………………．I
第1章引言…………………………………………………………………………………………。l
1．1研究背景和意义…………………………………………………………………1
1．1．1生物信息学……………………………………………………………………．1
1．1．2生物序列相似性查询………………………………………………………2
1．2本文的主要工作………………………………………………………………。3
1．3文章结构………………………………………………………………………．4
第2章相关工作…………………………………………………．
2．1问题定义及描述………………………………………………………………一6
O
2．2研究进展……………………………………………………………………………………．1
第3章BIoINDEX索引 14
3．1索引的建立……………………………………………………………………14
I oI 5
3．2基于BNDEx的查询算法……………………………………………………l
3．3实验结果及其分析………………………………………………………………。17
9
3．4本章小结………………………………………………………………………．1
第4章SSQ』F算法 …………．．．．．．…………．．．．．．．．．．……．……．．．……………．：!II
4．1最优过滤顺序模型和过滤集大小估计………………………………………。20
4．1．1最优过滤顺序模型……………………………………………………………20
4．1．2各过滤器的基本过滤原理………………………………………………
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