Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法.pdf

ComputerEngineering日n4 ffc口rfD 计算机工程与应用 Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法 周洪斌 ，吕 强 ，温 炜 ZHoU Hongbin ，LV Qiang，WEN Wei2 1．沙洲职业工学院 电子信息工程系，江苏 张家港 215600 2．苏州大学 计算机科学与技术学院，江苏 苏州 215006 1．Electronic／nformationEngineeringDepartment，ShazhouProfessionalInstituteofTechnology，Zhangjiagang，Jiangsu215600，China 2．SchoolofComputerScienceand Technology，Soochow University，Suzhou，Jiangsu 215006，China ZHOU Hongbin，LV Qiang，WEN Wei．StochasticperturbationPSO algorithm forToymodel-basedproteinfoldingprob— lem．ComputerEngineeringandAppfications，2011，47(18)：234—236． Abstract：Proteinfoldingpredictionproblem based on ToymodelisaclassicalNP hardproblem in computationalbiology． The paperputsforward a stochastic perturbation PSO algorithm ，combining with the ideas from hill—climbing．Thisalgoritmh achieves good resultswhen itisapplied to predictthe best2D structure ofsome benchmark Fibonaccisequences and real protein sequences． Keywords：ParticleSwarm Optimization(PS0)；hill-climbingalgorithm；Toymodel—basedproteinfolding 摘 要：Toy模型蛋白质折叠问题是一个计算生物学中典型的NP难题。提 出了一种随机扰动粒子群结合爬山优化的算法，应用 二维Toy模型进行蛋白质折叠结构预测，在Fibonacci测试序列及真实蛋白质序列上的测试结果验证了算法的良好性能。 关键词：粒子群优化算法；爬山算法；Toy模型蛋白质折叠 DOI：10．3778~．issn．1002．8331．2011．18．069 文章编号：1002-8331(2011)18—0234—03 文献标识码：A 中图分类号：Q71 1 引言 (Polra，用P表示)组成 ，相邻残基之间的角度只能是直角或平 蛋白质结构预测是生物信息学中最重要的课题之一。蛋 角。比HP格点模型稍微复杂一点的是由Stillinger等提出的 白质是组成生物体的重要成分，在生物体的生命活动中起着 Toy模型(ABOff-LatticeModel ，该模型同样是将氨基酸 重要作用。而蛋白质的结构和功能是统一的，Anfinsen指出 分为亲水和疏水两类，考虑骨架扭曲势能和非键问相互作用 蛋白质的生物功能是由它们的空问折叠结构决定的，蛋白质 (nobondedinteractions)，而且相邻残基之间的夹角是任意 只有形成特定的结构才能执行特定的功能。因而进行蛋白质 的。二者相比较来看，Toy模型更接近真实蛋白质。 结构预测对于理解蛋白质结构与功能的关系 ，在医学和生物 工程领域具有极大的应用价值。 2 问题描述和解决方案 蛋白质结构预测是指由一个给定的蛋白质序列预测出蛋 2．1 Toy模型 白质的天然结构。1973年，Anfmsen通过对核糖核酸酶A的经 Stillinger于1993年首先提出Toy模型。该模型将2O种氨基 典研究表明去折叠的蛋白质在体外可以自发的进行再折叠， 酸根据疏水性、亲水性分为两类，分别用A(Hydropho