单晶结构分析课件2.ppt

(3)omit omit h k l 它使用于删除某些特殊的衍射点。 (4)exti 在XL修正中，若消光比较严重而name.ins中没有设置EXTI时，将给出提示。 (5) move 检查已命名的原子坐标，是否绝大部分处于0-1之间，否则应该使用move命令。 move指令的使用格式为： move dx dy dz sign 其中sign为+1或-1，另外在三斜，单斜，正交晶系中，dx，dy，dz取0.5也是可以的。 (6) anis 如果所有的非氢原子得到指认，anis对非氢原子进行各向异性精修。(注：一般在没有加氢前进行各项异性精修) (7) dfix dfix指令约束原子对之间的间距。它的指令格式如下： dfix d s atompair (8) eqiv EQIV指令定义了一对称操作，它主要使用于定义某些通过对称操作产生的原子，使这些原子参与结构报表的计算，其指令格式如下： EQIV $n symmetry operation 例如: EQIV $1 1-x, 0.5+y, 0.5-z 要求给出氢键时常用此命令 AFIX指令约束并/或产生理想的位置坐标。通常情况下AFIX使用于理论加氢，它直接由XP中的hadd命令产生。它的指令格式如下： AFIX mn ··· AFIX 0 (9)afix (10)关于Flack参数 对于非心空间群，程序会给出Flack参数。 Flack=0, 绝对构型正确； Flack=1, 要进行构型翻转； Flack=0.5, 有心的。 对于大部分空间群，构型转换只需在INS文件中加入如下指令： MOVE 1 1 1 -1 但对于某些特定空间群，手性转换并不是通过这一指令即可完成： MOVE 1 .5 1 -1 I41md MOVE .25 .25 .25 -1 F4132 MOVE 1 .5 .25 –1 I4122 MOVE 1 .5 .25 –1 I-42d MOVE 1 .5 1 –1 I41 MOVE 1 .5 1 –1 I41cd MOVE .25 .25 1 –1 Fdd2 (11)关于加氢 一般对芳香环碳上的氢，脂肪碳上的氢和部分N,O上的氢原子采用理论加氢(hadd)。 对水上的氢采用从Q峰中寻找可能的氢的位置。 在XP中，输入命令ENVI O1W，看O1W原子周围的键长值，命名出H1WA和H1WB二个原子，并对得到的氢进行固定(在ins文件中使用dfix指令)。如： dfix 0.85 0.02 O1W H1WA O1W H1WB dfix 1.35 0.02 H1WA H1WB (12)关于氢键 如果有Cl,O,N等原子，化合物中可能有分子间或分子内的氢键作用。输入htab指令后重修结构，在lst文件中检查是否存在氢键数据。 * * * * 单晶结构解析 课程教学要求： 由实验室提供的晶体衍射数据文件，得到投稿要求的cif文件，及能列表给出基础单晶数据结果。 一、X射线单晶衍射仪的种类 1、四圆衍射仪 2、面探测仪- CCD、IP 二、X射线单晶衍射仪数据收集提供的数据文件 1、本实验室面探－Bruker SMART APEX-II diffractometer ①*.raw CCD最原始文件，为校正而保留 ②*._ls 记录数据处理文件，包含数据完成度及最后精修单胞参数所用的衍射点 ③ *.hkl 经SADABS校正后的衍射点文件(最关键的一个文件，有才能解) ④*.p4p 矩阵文件，包含单胞参数 ⑤*.abs 校正结果文件，主要包含Tmin，Tmax 2、对理学公司(Rigaku)CCD/IP可能包含的文件 Crystalclear.cif、texray.inf 二、SHELXTL程序 SHELXTL程序运行图 XPREP 确定空间群 建立.ins文件 name.hkl name.ins name.hkl name.p4p XS 解初结构 XL 最小二乘修正等 XP 画图 XCIF 打印表格 name.res name.ins name.res name.hkl 改名 改名 name.ins name.cif 结构图 三、结构解析基本步骤－在DOS下操作 1、XPREP filename 产生INS文件及HKL文件 2、XS filename 3、XP filename 4、XL filename 5、重复以上两步骤直至找到所有非氢原子，完成各项异性修正，加氢，各项指标达到标准 6、用XP程序