哺乳动物抗菌肽的生物信息学预测与分析.pdfVIP

广东农业科学 2015年第 3期 13l 哺乳动物抗菌肽的生物信息学预测与分析 王 艳 ，丁 雪，赵 晶，宋明霞，杜丰平 ，周晓馥 (吉林师范大学生命科学学院，吉林 四平 136000) 摘 要 ：抗菌肽 (Antimicrobialpeptides，AMPs)是能够抵抗病源微生物的小分子多肽 ，广泛分布于动植物 、 细菌、真菌等各种生物 中，其在天然免疫中起着重要的作用。利用生物信息学方法 ，结合两大生物信息学门户 网站 ExPASy和NCBI，对截至2013年4月 27日NCBI上所有的哺乳动物抗菌肽条 目的上述性质进行了详细 分类 。并对其氨基酸长度 、平均疏水性 、跨膜结构 、信号肽、亚细胞定位等特征进行预测及分析。 关键词 ：哺乳动物抗菌肽 ：生物信息学：预测 ；分析 中图分类号：Q518．1 文献标识码 ：A 文章编号 ：1O04—874X(2015)03—0131-03 Bioinformaticspredictionandanalysis0f m am m alli●an antJi●m i●crolDi●allpeDt·i●n1es WANGYan，DINGXue，ZHAOJing，SONGMing—xia，DUFeng-ping，ZHOUXiao-fu (CollegeofLifeSconce，JilinNormalUnversity,Siping136000，China) Abstract：Antimicrobialpeptides(antimicrobialpeptides，AMPs)aresmallpeptideswhicharewidelydistributed inplants，animals，bacteria，fungiandotherorganisms．Theyplayimportantroleininnateimmunity．Bioinformatics methodswereused combinedwith the twoportals，ExPASy andNCBIto carry outa detailed classification ofall mammalianAMPs．Moreover，theiraminoacidsinlength，theaveragehydrophobicity，transmembrane，signalpeptide， subcellularlocalizationandotherfeatureswerealsopredictedandanalyzed． Keywords：mammalianantimicrobialpeptides；bioinformaties；prediction；analysis 抗 菌肽 (Antimicrobialpeptide，AMP)一般 由 远意义。本研究用生物信息学手段．对截至2013年 20～50个氨基酸组成，分子量在 4ku左右[”，最早在 4月 1913NCBI上所有的抗菌肽条 目的上述性质进 昆虫中发现21『．随后在动物 、植物 、细菌、真菌等多种 行 了归纳 总结及预测 ，功 能预测借助 门户 网站 生物体当中也相继被发现[31。抗菌肽能够直接抵御 ExPASy(http：／／expasy．org／proteomics／protein_ch aracterisation and 外界病原体感染 ，具有抗病毒、抗细菌、抗真菌抗肿 — _ function)，为后续的科学研究奠定 瘤 的作用 ，其热稳定性高，且不易产生耐药性与药 坚实基