两种东方鲀的GH基因单核苷酸多态性分析 Single-nucleotidepolymorphism analysis of the GH gene in two species of Takifugu.pdfVIP

·38· 2008年1月 水 利 渔 业 第28卷第1期 两种东方纯的GH基因单核苷酸多态性分析 严美姣1，吴旭2，黄军1 (1．扬州大学动物科学与技术学院，江苏扬州225009；2．中国科学院水生生物研究所，湖北武汉430072) 摘要：根据红鳍东方纯生长激素基因全序列，设计13对引物，结合单链构象多态性(SSCP)技术和克隆 测序技术对野生红鳍东方纯、养殖红鳍东方纯和养殖暗纹东方纯群体进行了遗传多样性分析。结果表明：东 方纯整个生长激素基因的6个外显子中没有多态性，在其内含子2、内含子5以及3’侧翼区发现有多处序列 变异位点，包括碱基的缺失、插入和一些单核苷酸突变。这些遗传多态性的存在为从分子水平上对东方鲍的 鉴定提供了一定的依据。群体遗传结构分析结果表明，红鳍东方纯养殖群体的一些等位基因丧失，造成其遗 传多样性显著下降，应及早加强对其种质的保护。 关键词：红鳍东方纯；暗纹东方鲍；GH基因；单核苷酸多态性；种群 中图分类号：$917 文献标识码：A 文章编号：1003—1278(2008)01—0038—05 东方鲍属(Fugu)鱼类是我国重要的出口创汇水产品组中变异最多的一种，被广泛应用于遗传图谱构建、DNA 之一，以肉鲜味美、富含蛋白质和能够提取用于临床治疗 指纹的确立、群体遗传和连锁不平衡等方面。4“o。本实 的河纯毒素而著名。东方纯体短，呈亚圆筒形，尾部较 验对东方纯生长激素基因进行了SNP筛查，并结合各个 细，体表多具有花纹和斑点，无鳞，有的背部和腹部具小 群体进行了相关遗传分析，为东方纯属不同种间的亲缘 刺。花纹和斑点的排列及颜色、刺的有无及多少均是分 关系的确定提供分子水平的依据，为从分子水平进行东 类最重要的外部特征。生活于北太平洋西部沿岸浅海的 方纯育种的研究积累基础数据。 许多重要的纯，如红鳍东方纯(Takifugurubripus)、假睛东 1材料与方法 obscu— 方纯(Takifugupseudommus)、暗纹东方鲍(Takifugu ru$)等在中国、日本和朝鲜半岛都有分布…。东方纯属 1．1材料来源 鱼类整个基因组的长度仅为人类基因组的1／7，其中红鳍 野生种群红鳍东方纯(29尾)采自青岛沿海，养殖红 东方纯已列为人类基因组研究的模式动物口o。多年的分 鳍东方鲍(31尾)采自青岛人工河豚养殖基地，养殖暗纹 类学研究、生态学研究和繁育生物学研究以及近年来的 东方纯(50尾)取样于泰州靖江特种水产养殖场。 调查资料显示，由于鱼类近缘类群的杂交频率极高以及 1．2引物设计 人工杂交种群的大量繁育、养殖和放流规模的扩大等原 参考红鳍东方鲍及其它物种的GH基因全序列(Gen— 因，已开始导致包括东方纯属在内的不同种的混杂，及遗 传多样性的降低o。另外，由于其诱人的价格，造成了对 5．0、01一 河鲍的过度捕捞，天然资源逐年下降。从养殖、育种和种 igo6．0等引物设计软件，自行设计2对引物来扩增暗纹 质资源保护的角度出发，迫切要求对东方鲍属不同种问 东方鲍GH基因，见表1。同时根据红鳍东方纯生长激素 的亲缘关系进行确定，以及提供有效的方法对这些种进 行鉴别以及对品种资源的保护。 序的暗纹东方纯DNA全序列，采用Primer5．0引物设计 单核苷酸多态性(SNP)是继限制性片段长度多态性、软件，自行设计引物对东方纯GH基因进行分段扩增，共 短串连重复序列多态性之后的第3代遗传标记，是基因 设计了13对引物，覆盖了整个GH基因，见表2。 表1暗纹东方纯GH基因的扩增引物 1．3基因组DNA的提取及GH基因的PCR扩增洗并分开，防止交叉污染。采用常规酚仿法抽提DNA，具 将