Autok_vina_使用方法.doc

Autodock vina 使用方法 需要软件为autodocktool、vina、pymol 需要文件为蛋白质文件：.pdb 小分子配体文件：.mol2 打开autodocktools软件 File > Read Molecule > *.pdb Edit > Charges > Add Kollman Charges > 确定 Edit > Hydrogens > Add Hydrogens > Polar Only > OK WithBondOrder Yes Float Dashborad Widget > Atom(pdb name) Grid > Macromolecule > choose > pdb name > Select Molecule Grid > Grid box > 首先把Spacing (angstrom)设为1 然后把 number of points in x-dimension值设在一个合理范围 number of points in y-dimension number of points in z-dimension 使晶格能够囊括所以蛋白质原子 最后把 x center 值设在一个合理范围 y center z center 使晶格中心能够在蛋白质分子中心 把所有值记录在*.txt文件中。 打开Raccoon 软件（此步骤也可以用autodocktools完成） Add ligands > *.mol2 (现在Files of type中改成*.mol2) > open 此步骤可把.mol2文件批量转化为.pdbqt文件（而autodocktools软件只能单个转化）。 打开终端，进入目的文件夹 首先创建一个*.txt文件（利用步骤1中的*.txt文件的数值），比如： receptor = receptor.pdbqt center_x = 2 center_y = 6 center_z = -7 size_x = 25 size_y = 25 size_z = 25 num_modes = 9 然后把所有小分子配体进行虚拟筛选，利用一下批处理脚本： for f in ligand_*.pdbqt; do b=`basename $f .pdbqt` echo Processing ligand $b mkdir -p $b vina --config conf.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt done 之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多的（约30%），而且也是公认对接结果最准确的。所以我就简单讲讲我在autodock，vina学习过程中的一些问题，抛砖引玉！共同学习，共同进步！autodock：安装貌似很麻烦，但是网上都有很多详细的步骤，一步一步来，肯定没问题。在使用过程中，建议大家新建一个文件夹，把autodock.exe, autogrid.exe,以及vina.exe 以及所有对接需要用到的文件都放在这个文件夹，燃用用ADT把该文件夹设置为默认工作路径，这样一来是方便查找对接结果，二来在运行程序的时候也不容易出错。之后就是受体和配体pdbqt文件的准备了，刚开始建议大家一步一步安装教程的方法准备对接文件，如果是虚拟筛选的文件，下面在PyRx里会介绍，用一个第三方软件实现批量转换。文件都准备好了，以及grid box 的参数都设置好了，就运行autogrid，然后设置对接参数，运行autodock