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第4l卷增刊 计算机研究与发展 V01．41，Suppl
2004年10月 OFCOMPUTER Oct．2004
JOURNAL RESEARCHANDDEVELOPMENT
基于局部优化策略的DNA序列压缩算法
骆吉洲1李建中“2杨 昆1赵锴1
1(哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院哈尔滨150001)
2(黑龙江大学计算机科学与技术学院哈尔滨150080)
(1uojizhou@hit．educn)
摘要DNA序列压缩在海量基因数据的存储、管理和传输中有重要作用．一些人用(广义)后缀树中的最长公共子串
来压缩DNA序列，但这并不一定是最适于压缩的冗余形式局部优化策略被用来在最长公共子串对应的路径上寻找最
适于压缩的冗余形式．实验证明了这种策略的有效性．
关键词DNA序列；压缩；局部优化
中图法分类号T1：274
ofDNA BasedonLocal
CompressionAlgorithmSequences Optimization
Kall
LUOJi-Zhoul，U Kunl，andZHAO
Jian-Zbxm91，一，YANG
1(SchoolofComputerScienceandTechnology，HarbinInstituteoyTechnology，HarNn150001)
Scienceand 150080)
2(＆h“ofCemputerTechnology，HeilongJlangUnizersit2j，Horbin
AbstractThe ofDNA an roleinthe and
compressionsequencesplaysimportant storage，management
of in
dlstribuliondata．Some usethe colTln_lon the
gene people longestnon-overiappingsubstring
treeto DNA ones notbethebestones
seqHenees．However，thelongest
(generalized)SuffiXcompress may
while DNA local is tochoose ofthe
compressingsequences．S0optimizationproposed prefixes longest
to theDNA showthe ofthis
experiments
substringscompress sequences．The efficiencystrategy．
wordsDNA
Key sequence；compression；10caloptimization
分为很多子段，其中有些子段包含基因而有些子段
1 DNA序列的压缩 不包含基因，每种基因控制特定蛋白质的产生及其
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