利用动态生物数据融合策略对EcoliK-12进行InSilico蛋白组学功能.PDFVIP

计算分子生物学(网络版), 2014 年, 第 3 卷, No.10, 1-9 Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2014, Vol.3, No.10, 1-9 研究论文 Research Article 利用动态生物数据融合策略对E.coli K-12 进行In Silico 蛋白组学功能 重新注释 Gopal Ramesh Kumar Thankaswamy Kosalai Subazini Chinnasamy Perumal Rajadurai Kandavel Palani Kannan 生物信息学实验室, AU-KBC 研究中心, 安娜大学, 金奈, 600044, 印度 通讯作者: gramesh@ 计算分子生物学, 2014 年, 第3 卷, 第10 篇 doi: 10.5376/.2014.03.0010 本文首次发表在Computational Molecular Biology 上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License 协议对其 进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。 建议最佳引用格式： Kumar et al., 2014, In silico Proteomic Functional Re-annotation of Escherichia coli K-12 Using Dynamic Biological Data Fusion Strategy, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.4 34-43 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0004) 摘 要 大肠杆菌，是广大生物学研究着最喜欢的模型生物之一，最初是在1997 年注释，并在2007 年完成重新注释。虽 然在大肠杆菌基因组上，已经进行了多年的深入研究，但在完整和准确的生物功能上的研究信息并不可用。在大肠杆菌中， 因为缺乏功能信息，约有 40% 的蛋白质序列被注释为假定蛋白。因此，这些蛋白序列需要利用更先进的计算方法去获取它 的生物学功能。在这里，我们采用“动态生物数据融合策略”，对大肠杆菌 K-12 完整蛋白质组进行了重新注释。它是一种 计算策略，我们通常应用于与异构生物数据源相结合，最大限度地提高知识共享和生成数据集的交集。本研究对大肠杆菌 K-12 的功能重新注释结果有助于我们获取高质量、完整的蛋白质组数据。我们已经更新了以前注释的所有的蛋白质编码基 因，并试图在可能的情况下分析新的或更精确的蛋白功能。约 29% 的大肠杆菌的蛋白质序列，先前被注释为你不清楚或未 知功能(即无功能) ，现在已被注释为清楚或已知的功能。此外，重新分析也导致了对已发现是假阳性或错误注释的蛋白序列 的修订。这个研究的注释结果信息可以作为数据库，“REC-DB ”，这仍然是一个有用的、数据得到更新、信息更准确的数据 库。REC-DB 是公开在.in/recdb/ 。 关键词 大肠杆菌; 重新注释; 假设蛋白; 置信水平; 系统发生; 基序 In silico Proteomic Functional Re-annotation of Escherichia coli K-12 Using Dynamic Biological Data Fusion Strategy Gopal Ramesh Kumar Thankaswamy Kosalai Subazini Chinnasamy Perumal Rajadurai Kandavel Palani Kannan Bioinformatics Lab, AU-KBC Research Centre, M.I.T Campus of Anna University, Chromepet, Chennai 600044, India Corresponding author, grames