基于MVC架构的基因组序列信息可视化工具.pdfVIP

王海沿等：基于MVC 架构的基因组序列信息可视化工具 基于MVC 架构的基因组序列信息可视化工具! ! ! 王海沿 鲁 强 曾绍群 李亦学 （华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室 武汉430074 ） ! （上海生物信息技术研究中心 上海 200235） 摘 要 探讨了一种基于ModeI-View-ControIIer 架构开发基因组序列可视化工具的方法。 按照模型、视图、控制器的设计思想划分软件架构，在Java 平台上开发了具有良好可操作 性、可重用性以及可扩展性的基因组序列信息可视化工具。 关键词 MVC 架构，基因组，可视化，可重用 本文设计了一种基于 （模型视 ModeI-View-ControIIer - ［］ 2 图控制器，简称 ）架构 的可重用的基因组可 0 引 言 - MVC 视化软件MVCViewer 。 生物信息学已成为一门非常注重可视化功能的 ［］ 学科 l 。它以各种形式存在的复杂生物信息图形化 l 基于MVC 架构的基因组可视化系统 显示的实现，为生物学家进一步分析和利用这些数 据提供了便利。在基因组研究领域，对序列信息加 1 . 1 设计思想 以可视化对于分子生物学、以及生物信息学研究具 MVC 架构模式是采用“分治”的思想，将数据模 有重要意义。 型、数据显示以及数据控制逻辑进行了分离。 在国际上，基于基因组序列可视化功能需求，已 架构主要由三个部分组成：模型（ ）、 MVC ModeI 经出现了一些相关可视化工具。如伯克利果蝇研究 视图（ ）以及控制器（ ）。模型，即相关 View ControIIer 中心开发的ApoIIo 基因组注释编辑器和UCSC 基于 数据的集合，是对象的内在属性。通常采用面向对 的 （ ： ）。 象的方法，将问题领域中的对象抽象为应用程序的 web Genome Browser http / / genome . ucsc . edu 现有的基因组可视化软件，在应用环境上有所差异， 对象，其中封装了对象的属性和这些对象背后的业 在功能特点方面也各有优劣。基因组可视化软件要 务逻辑。视图是模型的外在表现，一个模型可以对 求良好的易操作性，以方便非计算机专业的用户方 应一个或者多个视图。视图具有同外界交互的功 便快捷地学习使用。同时，生物学研究人员对生物 能，主管应用系统与外界的交互。一方面它为外界 信