NAMD和VMD简介.ppt

NAMD及VMD简介 NAMD和VMD软件，均由美国伊利诺依大学开发 。 NAMD用经验力场通过数值求解运动方程计算原子轨迹 ，我们用主要针对核酸、 蛋白质和脂类的CHARMM力场，分为top和par两种文件。 NAMD 本身只能完成动力学模拟计算，没有图形界面。VMD有图形界面， 可以完成视图、建模、数据处理等多种功能。 一、NAMD和VMD简介 二、NAMD和VMD在windows7系统下的安装 NAMD (windows 版本) 网站上/Research/namd/ 有直接编译好的，直接下载NAMD2.6软件包, 解压后文件夹中名为namd2 就是我们需要的软件。 VMD (windows 版本) 需要安装，从网站/Research/vmd/ 下载后缀名为.msi的文件后，与普通软件一样进行安装。 注意：软件安装后，需要改变软件的环境变量，以便整个系统可以识别软件名称 (比如vmd，namd2), 改变路径方法如下： 计算机——右击——属性——高级系统设置——高级——环境变量 ——系统变量——Path——编辑：添加NAMD和VMD软件所在文件夹 的路径 (比如 C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD) 三、VMD软件在windows7系统下调用 2.盘符 3.cd 命令表示转变路径， cd+文件夹名表示进入某个文件夹内 需要在某个盘的某个文件夹下调用vmd（即使得vmd软件得到的结果输出在某个文件夹下）步骤： 1.电脑开始命令搜索行输入:cmd —— Enter键 4. 因为之前改变了软件环境变量， 因此直接输入软件名称表示调用该软件 命令窗口 图形窗口 1）体系.pdb文件，该文件负责储存体系中所有原子的坐标。 2）体系.psf文件，该文件负责储存体系的结构信息， 包括化学键的长度、键角、二面角，以及原子电荷、L-J参数等信息。 3）力场参数文件，力场参数文件是分子动力学模拟的核心， 力场中的数学方程决定了原子在力场中的受力如何计算。 4）准备配置.conf文件(configuration file), 告知NAMD软件作MD模拟的各种参数， 如.pdb文件和.psf文件、体系的温度、压力的控制方法、系综、 边界条件的设置、模拟结果储存的文档等等。 四、调用NAMD软件之前必备文件 PDB文件按四层结构记录原子坐标： molecule——segment——residue——atom 分子 片段 残基 原子 CH3-CH-COOH NH2 molecule segment residue ATOM 1 N LEU P 1 3.594 1.290 17.445 0.00 0.00 P1 ATOM 2 HN LEU P 1 3.332 1.323 18.351 0.00 0.00 P1 ATOM 3 CA LEU P 1 4.005 -0.104 16.995 0.00 0.00 P1 ATOM 4 HA LEU P 1 4.110 -0.065 15.913 0.00 0.00 P1 ATOM 5 CB LEU P 1 5.408 -0.391 17.511 0.00 0.00 P1 ATOM 6 HB1 LEU P 1 6.118 0.452 17.178 0.00 0.00 P1 ATOM 7 HB2 LEU P 1 5.376 -0.411 18.633 0.00 0.00 P1 ATOM 8 CG LEU P 1 6.164 -1.630 17.130 0.00 0.00 P1 ATOM 9 HG LEU P 1 5.553 -2.507