乳腺组织染色质免疫共沉淀方法的改进-生物通.pdfVIP

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１４，３４（９）：８０８６ ＤＯＩ：１０．１３５２３／ｊ．ｃｂ 乳腺组织染色质免疫共沉淀方法的改进 １，２ １ ２ ３ １ １ 任艳萍 　罗　婵 　黄章虎 　黄时海 　石德顺 　李湘萍 （１广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室　南宁　５３０００４　２遵义医学院基础医学院　遵义　５６３００３） （３广西大学生命科学与技术学院　南宁　５３０００４） 摘要　作为研究基因表达调控的重要方法，近年来染色质免疫共沉淀（ＣｈＩＰ）得到了越来越广泛 的应用，但有关将乳腺组织作为ＣｈＩＰ材料的研究及其方法尚未见报道。采用传统的组织ＣｈＩＰ试 剂盒处理乳腺组织时，存在样品回收率低、乳脂／乳蛋白影响杂交效率和超声积热等问题，针对以 上问题对乳腺组织ＣｈＩＰ方法进行改进。新方法省略组织均一化步骤、用酶切超声法代替超声法 进行染色质片段化、在细胞裂解和酶切步骤间增加洗涤步骤。结果显示，与脾脏组织相比，乳腺 组织不适合进行组织均一化处理。酶切超声法比超声法更适于对乳腺组织进行染色质片段化。 采用改进后的ＣｈＩＰ方法获得的ＤＮＡ样品中，靶序列得到显著的富集，所得的ＤＮＡ样品能够满足 测序（ＣｈＩＰＳｅｑ）要求。结果说明，改进后的方法适用于乳腺组织染色质免疫共沉淀，并为研究乳 腺组织基因表达调控奠定了基础。 关键词　表观遗传学　染色质免疫共沉淀　ＣｈＩＰ　乳腺　ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｌｎｕｃｌｅａｓｅ 中图分类号　Ｑ３５２ 　　基因的表达受到多种转录因子及其相关蛋白的调 细胞相应的生理状态，无法排除细胞培养过程中对基 控，基因表达调控常用研究方法包括转录因子结合实 因表达及其调控产生的影响。已有直接将组织作为 ［１２］ 验（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒａｓｓａｙ） 、电泳迁移阻滞实验 ＣｈＩＰ材料、避免细胞培养可能产生的潜在影响的报 ［３４］ ［１３］ （ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃｍｏｂｉｌｉｔｙｓｈｉｆｔａｓｓａｙ，ＥＭＳＡ） 、酵母单 道 。目前有关组织ＣｈＩＰ方法远不及以细胞ＣｈＩＰ方 ［５６］ 杂交系统（Ｙｅａｓｔｏｎｅｈｙｂｒｉｄｓｙｓｔｅｍ） 和染色质免疫共 法成熟，相关研究报道也较少，同时急需进一步研究完 沉 淀 技 术 （ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ， 善适合不同组织的ＣｈＩＰ方法。 ［７８］ ? ＣｈＩＰ） 。尽管这４种方法均可以鉴定转录因子在 　　ＣｈＩＰ技术通过甲醛交联固定结合在染色质上的蛋 ＤＮＡ中的结合位点，但前３种方法需要将ＤＮＡ与转录 白，经细胞裂解、染色质断裂，用结合有相应抗体的沉 因子分离到体外进行实验，无法真实地反映在不同生 降珠捕获并分离目的蛋白ＤＮＡ复合物，最后经反交 理状态下，转录因子与相应靶基因识别与结合的真实 联、纯化后，得到与目的蛋白结合的ＤＮＡ片段。目前 ［９］ 情况。ＣｈＩＰ技术通过甲醛交联 ，将某一时刻 ＤＮＡ与 大多数利用ＣｈＩＰ技术对ＤＮＡ与蛋白之间相互作用进 转录因子之间的作用情况“快照”下来，可真实、完整地 ［１２，１４１５］ 行的研究均是以细胞为材料 ，将活体组织作为 反映特定时刻下，