遗传学教学课件第十三章.pptVIP

什么是基因组(Genome) 基因组就是一个物种中所有基因的整体组成 人类基因组有两层意义： —— 遗传信息 —— 遗传物质 从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。 功能基因组学 基因组DNA测序： 人类对自身基因组认识的第一步。 功能基因组学： 从基因组信息与外界环境相互作用的高度，阐明基因组的功能。 功能基因组学的研究内容： 人类基因组 DNA 序列变异性研究 基因组表达调控的研究 模式生物体的研究 生物信息学 基因组表达及调控的研究 在全细胞的水平，识别所有基因组表达产物： mRNA： c DNA 阵列 蛋白质：二维电泳 — 质谱 研究生物大分子相互作用： 阐明基因组表达在发育过程中的时、空的整体调控网络。 蛋白质组学： 高通量解析蛋白质的高级结构，是连接基因组功能研究和新药开发的桥梁。 人类基因组芯片 (Genetic Files) 美国总统克林顿在1998年10月对全国的演讲中指出:“未来十二年, 基因芯片将为我们一生中的疾病预防指点迷津”。 The end * * * 第十三章 基因组学 遗传图谱的构建 1. 图谱标记 图谱构建中需要可以鉴别的标记(marker)，在构建遗传图谱中，可用基因和DNA作为标记。 (1) 基因标记基因控制性状的表现，所以也就是利用可以鉴别的形态、生化等表型性状作标记，这与前述的连锁交换中介绍的方法一样。遗传学中最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制果蝇眼睛的一些基因作为标记，分析各基因间的连锁关系及遗传距离，绘制出连锁遗传图谱。这些基本原理和方法，仍在现在的基因组遗传图谱构建中广泛应用。 DNA标记 以DNA为基础的分子标记主要包括（Gupata et al，1999） ◆基于杂交的分子标记，如RFLP（Restriction fragment length polymorphism）。 ◆基于PCR的分子标记，如RAPD（Random amplified polymorphic DNA）、AFLP（Amplified fragment length polymorphism）、SSR (simple sequence repeats；又称microsatellite )、AFLP ( Amplicon fragment length polymorphism) 等。 ◆基于DNA序列和芯片的分子标记，如SNP（single nucleotide polymorphism）。 RFLP RFLP技术是基于Southern杂交的分子标记的方法。它是指用限制性内切酶酶切不同个体基因组DNA后，酶切片段长度的差异。这一技术用放射性同位素标记DNA片段作为同源序列探针（RFLP标记），与经限制酶消化并转移到支持膜上的基因组总DNA杂交，通过放射性自显影（或非同位素技术）来显示酶切片段的大小，检测不同遗传位点的多态性 RAPD RAPD由Williams 等（1990）和Welsh等（1990）分别发展起来的分子标记技术。这一技术是以基因组DNA为模板，采用随机设计的单个寡核甘酸序列（一般为10bp）为引物，通过PCR扩增，产生不连续的DNA产物，用于检测DNA序列的多态性。 SSR或微卫星 ■重复序列： ◆串联重复序列（tandem repeated sequence），其重复单位首尾相连，成串排列（Flavell 1986）。 ◆散布重复序列（interspersed repeated sequence），其重复单位与其它无关序列或单拷贝序列相间排列。 ■微卫星DNA序列又称简单重复序列（simple sequence repeat ，SSR）、短串联重复序列（short sequence repeat，STR），它是由几个核甘酸（一般1~5个）为重复单位簇集而成的串联重复序列，可分布在整个基因组的不同位置上，而且在基因组中的分布是随机的。微卫星长度具有高度变异性，并且这种多态性常常表现复等位性，两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，因而可以根据两端的序列设计一对特异引物，扩增每个位点的微卫星序列，从而揭示其长度的多态性（simple sequence length polymorphism，SSLP）。 ISSR ISSR是一种新型的分子标记。与SSR相反，直接用同位素标记SSR序列，扩增2个SSR间的单拷贝序列。为了增加扩增的特异性，在引物的5′和3′端分别加入1～2个选择性碱基，引物长度16～18bp。 AFLP AFLP是由荷兰Key Gene公司Zabeau（1992）发现，并由Vos等（1995）发展起来的分子标记技术，结合了RFLP和RAPD技术的优点。AFLP的基本原理是基于PC