第5章 蛋白质的三维结构 扬州大学《生物化学》课件.ppt

蛋白质三维结构 研究蛋白质结晶体： （一）X射线衍射法 （X-ray diffraction method ) 　　　X射线晶体学 （X-ray crystallography） 紫外差光谱 ( UV difference Spectrum ) 荧光和荧光偏振 ( Fluoresence Polarization ) 圆二色性 ( Circular Dichroism， CD ) 核磁共振 ( Nuclear Magnetic Resonance， NMR) 1、影响蛋白质三维结构的因素 内力（内因） 蛋白质分子内各原子间作用力 外力（外因） 与溶剂及其他溶质作用力 内因为主，外因通过改变内因起作用 2、蛋白质分子内部的作用力 肽键——一级结构 氢键、疏水作用、范德华力、离子键、二硫键——三维结构 （１)氢键( Hydrogen bond ) 两负电性原子对氢原子的静电引力所形成 X—H…Y 质子给予体X-H和质子接受体Y间相互作用 氢键具有： 方向性-（键角）指X—H与H…Y间的夹角 饱和性- X—H只与一个Y结合 （２)范德华力 (van der Waals force ) 普遍存在： ——原子、基团或分子间比较弱的、非特异性的作用力。 极性基团间的定向效应 极性基团与非极性基团间的诱导效应 非极性基团间的分散效应(狭义的范德华力) （３）疏水作用 ( Hydrophobic Interactions) 非极性侧链为避开极性溶剂水彼此靠近所产生 主要存在蛋白质的内部结构 蛋白质表面通常具有极性链或区域 蛋白质可形成分子内疏水链/腔/缝隙 ——稳定蛋白质的三维结构方面占有突出的地位 （４)盐键 ( Electrostatic attraction ) 又称离子键：具有相反电荷的两个基团间的静电相互作用。这种键可以解离。 （5）二硫键 (Disulfide Bond) 由半胱氨酸形成 起稳定肽链空间结构的作用 某些二硫键被破坏，蛋白质生物活性丧失 键 能 肽键 二硫键 离子键 氢键 疏水键 范德华力 （一）酰胺平面与α－碳原子的二面角 多肽链：通过可旋转的Cα连接的酰胺平面链 这种旋转是受到限制的 （二）可允许的φ和ψ值： 拉氏构象图 四、二级结构（Secondary Structure） 指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。 只涉及主链构象及链内/间形成的氢键 主要有?-螺旋、 ?-折叠片、?-转角、无规卷曲等。 每圈含3.6个AA残基，沿螺旋轴方向上升0.54nm。 每个AA残基占0.15nm，绕轴旋转100° 链内形成氢键与轴平行 多为右手螺旋 2 、?-螺旋的特点 （1）又称3.613－螺旋 （2）α螺旋的偶极矩：由于α螺旋中所有氢键都沿螺旋轴指向同一方向，每一肽键具有由N-H和C＝O极性而产生的偶极距，所以总的效果是α螺旋本身也是一个偶极距。 帽化（helix capping） 给末端裸露的N-H和C＝O提供氢键配偶体 折叠蛋白质其它部分 ——促成与末端非极性残基的疏水作用 2 、?-螺旋的特点 （3）α螺旋的手性 左/右手螺旋都由L-AA残基构成 ——不是对映体 右手α螺旋空间位阻较小，构象稳定在肽链折叠中容易形成。 ①R基大小：较大的难形成，如多聚Ile ②R基的电荷性质：不带电荷易形成 ③ Pro吡咯环的形成 C? -N /C -N不能旋转 无法形成链内氢键 310－螺旋 π螺旋（4.416－螺旋） 由两/多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成。分为平行?-折叠片和反平行?-折叠片两种形式 肽链主链呈锯齿状折叠构象。 C?总是处于折叠的角上 AA的R基团处于折叠的棱角上并与之垂直 反平行中重复周期之间的距离为0.7nm。而平行式中为0.65nm。 氢键主要在链间/同一肽链不同部分间形成 几乎所有肽键都参与链内氢键的交联 氢键与链的长轴接近垂直 平行肽链间以氢键从侧面连接的构象 平行式：所有肽链的N-端都在同一边 反平行式：相邻两条肽链的方向相反 维持β—折叠片的作用力也是肽键衍生出的氢键 肽链主链骨架180°的回折结构 特点： 由4个连续的AA残基组成 第一个残基C=O 第四个残基NH 作用力是氢键 O ……（ 氢 键 ）……… H —C—（NH—CH—CO）2—N—